Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001648`

染色体: Chr01 坐标: 30538737-30540131 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001648`
名称	SmilChr01G001648
描述	uncharacterized SmilChr01G001648
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	30538737 - 30540131 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006122`
GeneID	`131006122`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006122`
原始查询	`LOC131006122`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0208400` - identity=40.7; qcov=0.89; evalue=8.88e-102; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02992 (Transposase_21)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006122

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789264.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057789264.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057789264.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789264.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789264.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:30538815`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	B106,B118,B12,B128,B135,B137,B14,B33,B40,B57,B70,B72,B81,C60,C87
`Chr1:30538874`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr1:30538906`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr1:30538973`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C81,C86
`Chr1:30538978`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr1:30538991`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B104
`Chr1:30538991`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:30539089`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr1:30539120`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	19	A14,B103,B105,B112,B131,B19,B22,B26,B33,C13,C15,C31,C34,C48,C52,C57,C69,C84,D3
`Chr1:30539128`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B101,B108,B136,B140,B32,C54,C63
`Chr1:30539132`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:30539149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789264.1

464 aa

232

464

Transposase_21

PF02992 Transposase_21 196-407 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789264.1`	Pfam	`PF02992`	Transposase_21	Family	196	407	5.7e-100	333.6	Transposase family tnp2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933281.1
ATGCAGAGTTTGGTTCATGATGCTTTTGGAGTTCCACATGAAGATGGATATACTCAAGATCACACTACTTCGATAGATGCAGAGATTGCTAATGGGCAAGCAGGAGAATTTTACAAGTTAATTGATGCTTCACAACAACAGTTATATGAAGGATGTGAGAAATTTTCAAAACTATCGTTCATAATCCGTTTGCTACACTTAAAGTATCTTGGGAGATTGAGCAATAAGGTGTTTGATATGTTGTTGCAATTATTAACAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006122
ATGCAGAGTTTGGTTCATGATGCTTTTGGAGTTCCACATGAAGATGGATATACTCAAGATCACACTACTTCGATAGATGCAGAGATTGCTAATGGGCAAGCAGGAGAATTTTACAAGTTAATTGATGCTTCACAACAACAGTTATATGAAGGATGTGAGAAATTTTCAAAACTATCGTTCATAATCCGTTTGCTACACTTAAAGTATCTTGGGAGATTGAGCAATAAGGTGTTTGATATGTTGTTGCAATTATTAACAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789264.1
MQSLVHDAFGVPHEDGYTQDHTTSIDAEIANGQAGEFYKLIDASQQQLYEGCEKFSKLSFIIRLLHLKYLGRLSNKVFDMLLQLLTEAFPNAMDGLPKSYYESEKLMKELGLGYEKIDVCPNDCTLYWGMNERRISCDTCHELRWRTSNKDTTGEKRKIAQKVLWYFSLKPRLQRLFMSAKTASHMRWHAEGRTKDGYMRHPADSPAWSTFDSLHPDFAKECRNVRLGLASDGINPFKNMSVSHSTWPVILIPYNLPPWM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器