Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005816`

染色体: Chr01 坐标: 74152452-74153451 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005816`
名称	SmilChr01G005816
描述	uncharacterized SmilChr01G005816
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	74152452 - 74153451 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006123`
GeneID	`131006123`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006123`
原始查询	`LOC131006123`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	photosystem I reaction center subunit N [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841421]; symbol=AT1G49975; hit=AT1G49975; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	photosystem I reaction center subunit N [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841421]; symbol=AT1G49975; hit=AT1G49975; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G49975` (AT1G49975) photosystem I reaction center subunit N [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841421] identity=48.3; qcov=1.09; evalue=2.61e-30; confidence=medium
Rice	`Os03g0731100` - identity=65.2; qcov=0.627; evalue=3.79e-21; confidence=medium
GO	GO:0009522 (photosystem I); GO:0015979 (photosynthesis)
KEGG	-
Pfam	PF05479 (PsaN)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006123

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057789260.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057789260.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.20000	`XP_057789260.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.20000	`XP_057789260.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789260.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:74152622`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr1:74152639`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,B124
`Chr1:74152653`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr1:74152674`	`T`	`TGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	19	B109,B115,B129,B131,B20,B49,B6,B67,B71,B78,B85,C25,C36,C56,C6,C65,C75,C81,C83
`Chr1:74153099`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr1:74153291`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B18,B73,B84,C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789260.1

110 aa

110

PsaN

PF05479 PsaN 26-71 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789260.1`	Pfam	`PF05479`	PsaN	Family	26	71	0.00013	22.9	Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933277.1
ATCTACAAAAATCACAAACTAGTGGCTGTCAAATTAACTAGTAAATTATATGATTTCCACCAAAATTTGTAGATGGCAATGGCTGCAAGATTGAGTCAAGTGATTTCTTGCAATTTAAAATCAAGACAAGAAGCTAAGATTCCATGTAAGAGAGGGAGAAGAGAAGTTCTTATGCTTTCATATACTCTTCTTCTCGCTGACTCCAAAACCGACCTTCTTGATAAATATCTGAAGAAATCCCAAGAAAACAAAGTCAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006123
ATGGCAATGGCTGCAAGATTGAGTCAAGTGATTTCTTGCAATTTAAAATCAAGACAAGAAGCTAAGATTCCATGTAAGAGAGGGAGAAGAGAAGTTCTTATGCTTTCATATACTCTTCTTCTCGCTGACTCCAAAACCGACCTTCTTGATAAATATCTGAAGAAATCCCAAGAAAACAAAGTCAAGAATGACAAAGAGAGAATGGATAGTTATTACAAGCGAAACTACAAAGATTATTTTGGGTTGTTAGAGGGTGATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789260.1
MAMAARLSQVISCNLKSRQEAKIPCKRGRREVLMLSYTLLLADSKTDLLDKYLKKSQENKVKNDKERMDSYYKRNYKDYFGLLEGDLKLKKKEELSEAEKGILEWLERNK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器