Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005837

染色体: Chr01 坐标: 74385002-74389094 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005837
名称SmilChr01G005837
描述receptor-like protein 52
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74385002 - 74389094 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006130
GeneID131006130
locus_tag-
NCBI NameLOC131006130
原始查询LOC131006130

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 52
产物receptor-like protein 52
ArabidopsisAT5G25910 (RLP52)
receptor like protein 52 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832660]
identity=37.2; qcov=0.985; evalue=4.06e-149; confidence=medium
RiceOs12g0222800
-
identity=35.2; qcov=0.967; evalue=4.05e-120; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006130

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789275.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789275.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789275.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789275.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789275.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74385135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr1:74385192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr1:74385235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C15,C32,C43
Chr1:74385260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:74385333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr1:74385340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr1:74385345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B60,B66,B82,C62
Chr1:74385351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C70
Chr1:74385395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C32,C68,C78
Chr1:74385406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,C17
Chr1:74385417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:74385421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789275.1
822 aa
N
1
411
822
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_14
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_8
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_14
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 30-70 aa PF00560 LRR_1 149-171 aa PF13855 LRR_8 149-208 aa PF23598 LRR_14 167-250 aa PF00560 LRR_1 173-195 aa PF00560 LRR_1 197-219 aa PF23598 LRR_14 211-300 aa PF13855 LRR_8 245-304 aa PF00560 LRR_1 246-267 aa PF23598 LRR_14 251-350 aa PF00560 LRR_1 294-315 aa PF23598 LRR_14 306-396 aa PF13855 LRR_8 341-400 aa PF00560 LRR_1 342-363 aa PF00560 LRR_1 390-411 aa PF00560 LRR_1 412-434 aa PF00560 LRR_1 436-458 aa PF00560 LRR_1 484-506 aa PF00560 LRR_1 559-576 aa PF00560 LRR_1 624-644 aa PF13855 LRR_8 624-681 aa PF00560 LRR_1 647-668 aa PF00560 LRR_1 671-692 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789275.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 70 1.9e-10 41.6 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 149 171 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789275.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 149 208 1.8e-48 162.9 Leucine rich repeat
XP_057789275.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 167 250 1.1e-58 199.4 Leucine-rich repeat region
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 173 195 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 197 219 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789275.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 211 300 1.1e-58 199.4 Leucine-rich repeat region
XP_057789275.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 245 304 1.8e-48 162.9 Leucine rich repeat
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 246 267 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789275.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 251 350 1.1e-58 199.4 Leucine-rich repeat region
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 294 315 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789275.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 306 396 1.1e-58 199.4 Leucine-rich repeat region
XP_057789275.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 341 400 1.8e-48 162.9 Leucine rich repeat
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 342 363 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 390 411 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 412 434 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 436 458 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 484 506 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 559 576 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 624 644 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789275.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 624 681 1.8e-48 162.9 Leucine rich repeat
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 647 668 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat
XP_057789275.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 671 692 5.6e-69 213.8 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933292.1
CTTTCATCATTAATCCTTCCCATTTGCCCATCATATCCACACACACTCTATATATACACGTCTATAGATTTCATAGTTCAATATTCTAAAAAATTACTACTGTCAAAATCAAGCCAAAAAATGCAAAAATCTCCCCATTTTCTCATCCTTGCACTACTCTTACCAATCCATTATTTGATGGATTCTAGCTCAGCCAAACACGATATCAACACCGATCGTTCTTCACTTCTTGCCTTGAAATCTCAAATCACTTTAGATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006130
ATGCAAAAATCTCCCCATTTTCTCATCCTTGCACTACTCTTACCAATCCATTATTTGATGGATTCTAGCTCAGCCAAACACGATATCAACACCGATCGTTCTTCACTTCTTGCCTTGAAATCTCAAATCACTTTAGATCCTCTAAATATATTGACCCAAAATTGGAGCACTGAAGCCAGTGTTTGTAGTTGGATCGGAGTTACTTGTGATTCACATTACAATAGGGTGACTCAGTTGAATATATCGGACATGGGTCTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789275.1
MQKSPHFLILALLLPIHYLMDSSSAKHDINTDRSSLLALKSQITLDPLNILTQNWSTEASVCSWIGVTCDSHYNRVTQLNISDMGLVGTLPPEIGNLSSLVSLHVNENSFHGPIPPSIFNMSFLEVLEVRNNSLSSSLPLDMCKHNLHRLKRLRFNHNELYGEIPSSLGQCSQLEYLSLGNNTFTGFVPREIGNLKKLQTLYLGENQLTGTIPKEIGNLHNLQDMWLGSNELSGSIPREVGNMTALMKLYLDYNRLSGTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器