Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005836`

染色体: Chr01 坐标: 74371627-74378219 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005836`
名称	SmilChr01G005836
描述	uncharacterized SmilChr01G005836
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	74371627 - 74378219 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006133`
GeneID	`131006133`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006133`
原始查询	`LOC131006133`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006133

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789282.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057789282.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057789282.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789282.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789282.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:74371906`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B130,B18,B66,B88
`Chr1:74371978`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A4,B17,B6,B91,C44,C5
`Chr1:74372722`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B118
`Chr1:74372722`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B118
`Chr1:74372747`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B135,B36,B79,C17
`Chr1:74372764`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B36,B79
`Chr1:74372767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,B79
`Chr1:74372782`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B38,B39
`Chr1:74372829`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B79,C17
`Chr1:74372829`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B79,C17
`Chr1:74372846`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B28,C17
`Chr1:74372846`	`A`	`ACG`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B28,C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009095421.1
TAACCATGCATCTACAAAATCATAAAGTAGTAGGTGTGAAATTAATGGCACATTATCTGATTTCCACCAAACTCTGTAAATGGCAATGGCTGCAAGATTGAGTGGAGTCATTTCTTGCAATTGAAAATCAAGACAAGAAGCTAAGAGAGGAAAAGAGAAGTTGTTCTGCTTTGACTTACTCTTTCTTGTTACTCACTCGATCCAAAAACCGACCTTAATTCTTCATAGCAATCGAAATTCATTCCTCCCGCCGCCGCCGC...

XM_057933299.1
CCATGCATCTACAAAATCATAAAGTAGTAGGTGTGAAATTAATGGCACATTATCTGATTTCCACCAAACTCTGTAAATGGCAATGGCTGCAAGATTGAGTGGAGTCATTTCTTGCAATTGAAAATCAAGACAAGAAGCTAAGAGAGGAAAAGAGAAGTTGTTCTGCTTTGACTTACTCTTTCTTGTTACTCACTCGATCCAAAAACCGACCTTAATTCTTCATAGCAATCGAAATTCATTCCTCCCGCCGCCGCCGCCAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131006133
ATGAAAGAGTTAGAGCATATCGAGATATTGGGGAAGAGCCTTGTAGCTCCATCTCATTCTGCTTGTTTGGAAATTCTCTCAACACTTGTAGGTGTGAATGCCAACACTTGCACTATCCTGGAGCTTTCCAGAAAAGTTCCTTGCATAAGGAAATTTGGAGTTCAAATCGAGCTAACGCCTTATGATGATCATAATGACCTTATCAATTGCTTTGGTTGTGTTTCAACACTTGAAAGTTTGAAGACACTGAAATGTAGCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057789282.1
MKELEHIEILGKSLVAPSHSACLEILSTLVGVNANTCTILELSRKVPCIRKFGVQIELTPYDDHNDLINCFGCVSTLESLKTLKCSIINPVVKYDYAFPSSSMMFPSGLRKLHLSGMGFPWEYMDVIGSLPYLKVLKLRAYAFLGSKWEARDGSFLKLEFLLIEDSDLVQWKPSSGSFPELRHLSMKHCYKLEEIHRLSHCTCGGNIELVNCNPKALNCAELLQPCPMTWVDVTAIYSFDEKPITIMFTRYGSKEETWKA...

XP_057789283.1
MKELEHIEILGKSLVAPSHSACLEILSTLVGVNANTCTILELSRKVPCIRKFGVQIELTPYDDHNDLINCFGCVSTLESLKTLKCSIINPVVKYDYAFPSSSMMFPSGLRKLHLSGMGFPWEYMDVIGSLPYLKVLKLRAYAFLGSKWEARDGSFLKLEFLLIEDSDLVQWKPSSGSFPELRHLSMKHCYKLEEIHRLSHCTCGGNIELVNCNPKALNCAELLQPCPMTWVDVTAIYSFDEKPITIMFTRYGSKEETWKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器