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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005857

染色体: Chr01 坐标: 74497938-74506724 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005857
名称SmilChr01G005857
描述uncharacterized SmilChr01G005857
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74497938 - 74506724 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006156
GeneID131006156
locus_tag-
NCBI NameLOC131006156
原始查询LOC131006156

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0967100; species=rice; confidence=low
产物hit=Os01g0967100; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G22450 (AT5G22450)
spectrin beta chain, brain [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832306]
identity=34.7; qcov=0.979; evalue=5.75e-159; confidence=low
RiceOs01g0967100
-
identity=34.5; qcov=1.04; evalue=1.23e-174; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006156

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789311.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789311.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789311.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789311.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057789311.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74498345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:74498360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr1:74498429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr1:74498530 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr1:74498618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr1:74498684 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B70,C23,C33,D4
Chr1:74499166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr1:74500593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr1:74500771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:74500973 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C81
Chr1:74500973 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C81
Chr1:74502359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933329.1
AAAAAATAAAATCTAAAAAGGTTCGTTACTGTCGTAGCTGCCTGTCTCTCTACGAGCTTCTGCTTTCTCTCTCTACTTCCTTTTTCTTCTCTTTCACACTCTTTCTCTCTCTTCGATCTCTCCCGATCGATGAATGCAGTTTTTAGCTGGTAAAGAAGCTATTAAAATCTTGAGGGAAACGAATCCATAGTCATGAGATTTTCACCCTAGGAATGGCTGGGAATGCAAGATTTGAATTGACCTCGGCCAGCCCGGACTCT...
XM_057933328.1
AATCTAAAAAGGTTCGTTACTGTCGTAGCTGCCTGTCTCTCTACGAGCTTCTGCTTTCTCTCTCTACTTCCTTTTTCTTCTCTTTCACACTCTTTCTCTCTCTTCGATCTCTCCCGATCGATGAATGCAGGAATGGCTGGGAATGCAAGATTTGAATTGACCTCGGCCAGCCCGGACTCTGGTTTTGGTGGTAACTTCCAAAATGGACAAAGGGGTTATTCTGCTTCATCTTTGGATAGGTCTACAAGTTTCAGAGATGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131006156
ATGAATGCAGGAATGGCTGGGAATGCAAGATTTGAATTGACCTCGGCCAGCCCGGACTCTGGTTTTGGTGGTAACTTCCAAAATGGACAAAGGGGTTATTCTGCTTCATCTTTGGATAGGTCTACAAGTTTCAGAGATGGAATTGAGGGCAGGAACTTTGCTTCTGGGAAGGCAAATTCTAGGGGGAATGCAACATCTTCAGGAGATGCAAGTACATTGTCTCAATGTCTGATGTTGGAGCAGTTTGTTATTGATCAAAA...
LOC131006156
ATGGCTGGGAATGCAAGATTTGAATTGACCTCGGCCAGCCCGGACTCTGGTTTTGGTGGTAACTTCCAAAATGGACAAAGGGGTTATTCTGCTTCATCTTTGGATAGGTCTACAAGTTTCAGAGATGGAATTGAGGGCAGGAACTTTGCTTCTGGGAAGGCAAATTCTAGGGGGAATGCAACATCTTCAGGAGATGCAAGTACATTGTCTCAATGTCTGATGTTGGAGCAGTTTGTTATTGATCAAAAATATGCACAGTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057789311.1
MNAGMAGNARFELTSASPDSGFGGNFQNGQRGYSASSLDRSTSFRDGIEGRNFASGKANSRGNATSSGDASTLSQCLMLEQFVIDQKYAQSSDVRRVLSLFVGSSSEDNSFGTAHVKNPSPAALEELKRLRASVADSCVKASSRAKKLEEHLNRLNKFETMSSKKLQQRNEMLTHERSSGSTVKIGSLMHRNTAEFGSQKFDDRPKNGGLNKRLRTSVAETRAESRNNGVLRQPLTVTKERDLLKDRNVDSEIGEEKIRR...
XP_057789312.1
MAGNARFELTSASPDSGFGGNFQNGQRGYSASSLDRSTSFRDGIEGRNFASGKANSRGNATSSGDASTLSQCLMLEQFVIDQKYAQSSDVRRVLSLFVGSSSEDNSFGTAHVKNPSPAALEELKRLRASVADSCVKASSRAKKLEEHLNRLNKFETMSSKKLQQRNEMLTHERSSGSTVKIGSLMHRNTAEFGSQKFDDRPKNGGLNKRLRTSVAETRAESRNNGVLRQPLTVTKERDLLKDRNVDSEIGEEKIRRLPAG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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