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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005892

染色体: Chr01 坐标: 74855550-74858226 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005892
名称SmilChr01G005892
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39530-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74855550 - 74858226 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006184
GeneID131006184
locus_tag-
NCBI NameLOC131006184
原始查询LOC131006184

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39530-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39530-like
ArabidopsisAT3G53360 (AT3G53360)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824504]
identity=35.2; qcov=0.994; evalue=2.94e-135; confidence=medium
RiceOs12g0552300 (PPS1)
-
identity=33.5; qcov=0.995; evalue=5.76e-140; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006184

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057789348.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789348.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789348.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789348.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789348.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74856183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,D4
Chr1:74856200 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:74856210 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C19
Chr1:74856241 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B123,B132,C30
Chr1:74856270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr1:74856294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr1:74856348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B139,B18,C29,C80
Chr1:74856385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:74856428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C19
Chr1:74856432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr1:74856454 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,B20,C48
Chr1:74856555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C14,C19,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789348.1
648 aa
N
1
324
648
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 39-65 aa PF13812 PPR_3 65-112 aa PF13041 PPR_2 65-113 aa PF01535 PPR 67-93 aa PF01535 PPR 169-198 aa PF13041 PPR_2 267-315 aa PF01535 PPR 271-299 aa PF01535 PPR 343-366 aa PF13041 PPR_2 369-415 aa PF13812 PPR_3 370-416 aa PF01535 PPR 371-400 aa PF01535 PPR 444-470 aa PF13041 PPR_2 470-516 aa PF13812 PPR_3 470-518 aa PF01535 PPR 472-502 aa PF01535 PPR 507-533 aa PF20431 E_motif 589-647 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789348.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 39 65 2.6e-63 206.6 PPR repeat
XP_057789348.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 65 112 8.1e-34 116.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057789348.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 65 113 1.8e-72 240.0 PPR repeat family
XP_057789348.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 67 93 2.6e-63 206.6 PPR repeat
XP_057789348.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 169 198 2.6e-63 206.6 PPR repeat
XP_057789348.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 267 315 1.8e-72 240.0 PPR repeat family
XP_057789348.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 271 299 2.6e-63 206.6 PPR repeat
XP_057789348.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 343 366 2.6e-63 206.6 PPR repeat
XP_057789348.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 369 415 1.8e-72 240.0 PPR repeat family
XP_057789348.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 370 416 8.1e-34 116.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057789348.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 371 400 2.6e-63 206.6 PPR repeat
XP_057789348.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 444 470 2.6e-63 206.6 PPR repeat
XP_057789348.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 470 516 1.8e-72 240.0 PPR repeat family
XP_057789348.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 470 518 8.1e-34 116.2 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057789348.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 472 502 2.6e-63 206.6 PPR repeat
XP_057789348.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 507 533 2.6e-63 206.6 PPR repeat
XP_057789348.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 589 647 1.4e-12 48.4 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933365.1
CATTAATTTCAGTTTCATATATTTTAGTTTAATTTTATAACTATTAACTAGAGTTTATTATATCCAATTAGGGAATATAATAACTTTGTCATTTAATTTAATTTTAGTAATTAATACTCCCTCCGTCCACCAATTCGTGTCCCAATTTATCATTTTGATCCGTCCACCAATTCGTGTCTTACTTATTTTTAATATTTATTTCCTTAACAAATAAATTAATTTTTCTTAAAAGTCCTGCCCCTTTCTCCACTCAACAAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006184
ATGTCATTGCCTCGCCTCATTCGATCAGCCACTGAGAAAAAATCGATCTTCAATGGCAAAGCAATTCATGCTCGGGTCATCGTGTCCGGGTCGGGCCCAGATGTCCAAAGCAGCAACCATTTGCTCACGATGTACGCGAAACTCGGCTACATCGATTACGCCCAGAAACTGTTCGACGTAATGCCTGCGAGAAACCTCGTCACTTGGACTTCACTTATTTCCGCTTATTCCCAAATGGGGCTCTCGGAAAAGGCCTTAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789348.1
MSLPRLIRSATEKKSIFNGKAIHARVIVSGSGPDVQSSNHLLTMYAKLGYIDYAQKLFDVMPARNLVTWTSLISAYSQMGLSEKALDCFREMVLEDGIAPNDYTYVAAISACAQVRALRSGKEIHSRICRMEENVNSFVNNSLVNFYGKCGSLKPARLVFETISEPNAVSCVSLITSYTQSGENEEGLRIFLRSLRIGVKINEFSYVSILHACAALQILDVGKQIQAMAVKSGVRMDQFVVTCLVNFYAKCGDLELARRA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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