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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005900

染色体: Chr01 坐标: 74901583-74903518 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005900
名称SmilChr01G005900
描述phosphoglycerate mutase-like protein AT74H
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74901583 - 74903518 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006191
GeneID131006191
locus_tag-
NCBI NameLOC131006191
原始查询LOC131006191

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphoglycerate mutase-like protein AT74H
产物phosphoglycerate mutase-like protein AT74H
ArabidopsisAT3G05170 (AT3G05170)
Phosphoglycerate mutase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819681]
identity=56.1; qcov=0.85; evalue=1.77e-93; confidence=high
RiceOs05g0141700
-
identity=55.2; qcov=0.864; evalue=4.46e-89; confidence=high
GOGO:0016791 (phosphatase activity)
KEGG-
PfamPF00300 (His_Phos_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006191

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789355.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789355.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057789355.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789355.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789355.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74901728 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 41 A14,A18,A7,B106,B109,B119,B124,B127,B129,B19,B21,B23,B31,B38,B39,B40,B41,B53,B56,B6,B60,B61,B67,B70,B76,B91,B96,C13,C15,C19,C35,C44,C60,C62,C63,C67,C76,C9,D2,D3,D8
Chr1:74901785 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr1:74901789 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B138,B41,C67,D2
Chr1:74901789 CA C 1bp_deletion CDS_variant 4 B138,B41,C67,D2
Chr1:74901834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr1:74901843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr1:74901846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B64,C11,C69
Chr1:74901861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B112,B129,B27,B7
Chr1:74903081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr1:74903164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B29,B31,B48
Chr1:74903190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:74903242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789355.1
287 aa
N
1
144
287
His_Phos_1
C
PF00300 His_Phos_1 24-228 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789355.1 Pfam PF00300 His_Phos_1 Domain 24 228 8.4e-27 94.8 Histidine phosphatase superfamily (branch 1)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933372.1
ACCTGATCATTCACCAAAACCCTACACACAAAAAATGTCTACTACCGGAAACCTCAACACCTTCTCCGACCACCACCACCGCCACCGCCACCTCCCGCGGCGCATCATTCTGGTGCGCCACGGCGAGAGCGAGGTGAACGAGGACGAGGCGGTCCTCGAGTACGTCCCCAACTACAAGATCAAGCTGATCAAGAAGGGCATCGGCCAAGCCCAGGCGGCGGGCCGGGAAATCAAGGAGATCGTCTCGGACAACGAGGGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006191
ATGTCTACTACCGGAAACCTCAACACCTTCTCCGACCACCACCACCGCCACCGCCACCTCCCGCGGCGCATCATTCTGGTGCGCCACGGCGAGAGCGAGGTGAACGAGGACGAGGCGGTCCTCGAGTACGTCCCCAACTACAAGATCAAGCTGATCAAGAAGGGCATCGGCCAAGCCCAGGCGGCGGGCCGGGAAATCAAGGAGATCGTCTCGGACAACGAGGGGTGGAAGGCGCTGTTCTACGTCTCGCCGTCGAGTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789355.1
MSTTGNLNTFSDHHHRHRHLPRRIILVRHGESEVNEDEAVLEYVPNYKIKLIKKGIGQAQAAGREIKEIVSDNEGWKALFYVSPSSRTRETMEEIICRGGTFEKDRIVGVREECRLREQHFGNFQDVEERRKIKRSRNRYGKFFYRVPNGESSADVYDRVSTFLEGLWRDMESNKFSNEMNLIVVSHGLTILLFLMKWFNWTVDQFEGLTNPTNCEYRVLELGPDGEYSLALHHQLDQLKKWGLSNEMIEDQIIRARGLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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