Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005899`

染色体: Chr01 坐标: 74896934-74900056 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005899`
名称	SmilChr01G005899
描述	uncharacterized SmilChr01G005899
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	74896934 - 74900056 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006193`
GeneID	`131006193`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006193`
原始查询	`LOC131006193`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RAB6-interacting golgin (DUF662) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824456]; symbol=AT3G52900; hit=AT3G52900; species=arabidopsis; confidence=high
产物	RAB6-interacting golgin (DUF662) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824456]; symbol=AT3G52900; hit=AT3G52900; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G52900` (AT3G52900) RAB6-interacting golgin (DUF662) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824456] identity=56.6; qcov=0.974; evalue=5.57e-55; confidence=high
Rice	`Os04g0408600` - identity=58.3; qcov=0.846; evalue=3.6e-47; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04949 (Transcrip_act)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006193

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057789357.1`
2	Cytoskeleton	细胞骨架	0.40000	`XP_057789357.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789357.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789357.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789357.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:74897375`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B9,C18,C34,C45,C74
`Chr1:74897385`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:74898932`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:74898971`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr1:74899008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr1:74899838`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B112,B129,B27,B7
`Chr1:74899940`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,B48
`Chr1:74899941`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B52,C10,C65,C84
`Chr1:74899943`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C29
`Chr1:74899946`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A11
`Chr1:74899982`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,B56,B96
`Chr1:74899988`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B103,B112,B129,B27,B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789357.1

156 aa

156

Transcrip_act

PF04949 Transcrip_act 4-154 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789357.1`	Pfam	`PF04949`	Transcrip_act	Family	4	154	1.9e-65	220.2	Transcriptional activator

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933374.1
AAGCAACCACAATTTGTTCATATATAGAAATTAAACACTAGGAGAATGATGAGTCTTGCAAGTATGGGGAGCAACGGCCGGCCGTCGACGGACGACGGCGAGGAATGCGAGGCGACGAAGACGGCGATCTCGTCGTATCTAGAGAGAGAAGAAGAGATCGAGAGGAAGAAAATGGAAGTGAGAGAGAGGGTGGAGTCTCAACTCAGCCGCGCCGAGGAGGAAACCAGACGATTAGCGCAAGTTTGGGAAGAATTGGAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006193
ATGATGAGTCTTGCAAGTATGGGGAGCAACGGCCGGCCGTCGACGGACGACGGCGAGGAATGCGAGGCGACGAAGACGGCGATCTCGTCGTATCTAGAGAGAGAAGAAGAGATCGAGAGGAAGAAAATGGAAGTGAGAGAGAGGGTGGAGTCTCAACTCAGCCGCGCCGAGGAGGAAACCAGACGATTAGCGCAAGTTTGGGAAGAATTGGAAGTGCTGACTGATCCAATGAGAAAGGAAGTTGGAGCTGTGCGTAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789357.1
MMSLASMGSNGRPSTDDGEECEATKTAISSYLEREEEIERKKMEVRERVESQLSRAEEETRRLAQVWEELEVLTDPMRKEVGAVRKKIDLANRDLKSLAQICHKKEKEYKEAMETFQEKNNEKAQLTNTLVELVSESEKFRLRKLEELSKIVNSNT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器