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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005947

染色体: Chr01 坐标: 75200431-75203186 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005947
名称SmilChr01G005947
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75200431 - 75203186 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006220
GeneID131006220
locus_tag-
NCBI NameLOC131006220
原始查询LOC131006220

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT4G13920 (RLP50)
receptor like protein 50 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827026]
identity=33.4; qcov=1.05; evalue=2.02e-111; confidence=low
RiceOs12g0215950
-
identity=34.1; qcov=1.13; evalue=7.39e-137; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF12799 (LRR_4); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006220

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789382.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789382.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789382.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789382.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789382.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75200468 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B66,B68
Chr1:75200479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C50
Chr1:75200557 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr1:75200576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr1:75200612 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B67,C83,C87
Chr1:75200616 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 12 A24,A25,B133,B21,C28,C39,C46,C47,C6,C65,C80,D2
Chr1:75200630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,C79,C83,C87
Chr1:75200685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,C79,C83,C87
Chr1:75200727 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 2 B118,B94
Chr1:75200727 T TTA 2bp_insertion CDS_variant 2 B118,B94
Chr1:75200778 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,C41,C71
Chr1:75200829 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 3 B36,B96,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789382.1
872 aa
N
1
436
872
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_6
LRR_4
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 30-70 aa PF00560 LRR_1 209-231 aa PF00560 LRR_1 257-279 aa PF00560 LRR_1 306-327 aa PF00560 LRR_1 355-368 aa PF00560 LRR_1 452-472 aa PF13516 LRR_6 474-488 aa PF12799 LRR_4 474-514 aa PF00560 LRR_1 475-494 aa PF00560 LRR_1 497-516 aa PF00560 LRR_1 522-543 aa PF13855 LRR_8 667-719 aa PF00560 LRR_1 684-706 aa PF13855 LRR_8 684-743 aa PF00560 LRR_1 708-730 aa PF00560 LRR_1 733-749 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789382.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 30 70 3.4e-06 27.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789382.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 209 231 2.8e-48 152.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789382.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 257 279 2.8e-48 152.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789382.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 306 327 2.8e-48 152.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789382.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 355 368 2.8e-48 152.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789382.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 452 472 2.8e-48 152.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789382.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 474 488 1.9e-06 28.2 Leucine Rich repeat
XP_057789382.1 Pfam PF12799 LRR_4 Repeat 474 514 2.3e-38 130.0 Leucine Rich repeats (2 copies)
XP_057789382.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 475 494 2.8e-48 152.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789382.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 497 516 2.8e-48 152.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789382.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 522 543 2.8e-48 152.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789382.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 667 719 1.3e-43 147.3 Leucine rich repeat
XP_057789382.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 684 706 2.8e-48 152.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789382.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 684 743 1.3e-43 147.3 Leucine rich repeat
XP_057789382.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 708 730 2.8e-48 152.1 Leucine Rich Repeat
XP_057789382.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 733 749 2.8e-48 152.1 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933399.1
CACAATGCTTCCAAAGTTGTTCCTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGTTTCAATTCTTCTCTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGGGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGCATGTGATGCTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCCATAACGAGTCCATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006220
ATGCTTCCAAAGTTGTTCCTCGTCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATTTTCACTACTCATTCTTATAATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAGTTGAGTTTCAATTCTTCTCTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGGGATGAGTGCTGCAAGTGGCCCGGTGTGGCATGTGATGCTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCCATAACGAGTCCATTTCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789382.1
MLPKLFLVISTLISSFIFTTHSYNTQCLHHQKILLLQLKDELSFNSSLSTKLVRWNERDECCKWPGVACDAAGYVVSLQLHNESISGGIADSSSLFRLEYLENLNLAYNKFNNTPIPKGIHNLTYLTHLNLSYAYFGGQVPAEISSLRRLVSLDISNEYSGPPSPELPNLEMLVQNLTGLRELYLDYVDVTSSHERRKWNHIISSYLPNLTALSLRGCGLSGPLAESFWQLHSLSILRLGYNNLSTEVLDSFANFPSLTS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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