Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005957

染色体: Chr01 坐标: 75260046-75263014 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005957
名称SmilChr01G005957
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75260046 - 75263014 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006225
GeneID131006225
locus_tag-
NCBI NameLOC131006225
原始查询LOC131006225

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT1G45616 (RLP6)
receptor like protein 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841101]
identity=33.6; qcov=1.08; evalue=6.88e-125; confidence=low
RiceOs12g0211500
-
identity=36.4; qcov=1.08; evalue=4.84e-149; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006225

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789385.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789385.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789385.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789385.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789385.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75260188 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr1:75260241 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C28,C75
Chr1:75260241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C28,C75
Chr1:75260268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B24,B7,B93
Chr1:75260275 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B7,B93
Chr1:75260275 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 B7,B93
Chr1:75260287 C CGG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B7,B93
Chr1:75260287 C CGG 2bp_insertion CDS_variant 2 B7,B93
Chr1:75260290 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,B93
Chr1:75260291 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 2 B7,B93
Chr1:75260291 T TAA 2bp_insertion CDS_variant 2 B7,B93
Chr1:75260292 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B7,B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789385.1
904 aa
N
1
452
904
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 28-69 aa PF00560 LRR_1 203-225 aa PF00560 LRR_1 252-274 aa PF00560 LRR_1 276-295 aa PF13855 LRR_8 280-336 aa PF13855 LRR_8 301-361 aa PF00560 LRR_1 326-346 aa PF13516 LRR_6 426-439 aa PF00560 LRR_1 426-445 aa PF00560 LRR_1 496-516 aa PF00560 LRR_1 543-561 aa PF00560 LRR_1 567-588 aa PF13855 LRR_8 700-752 aa PF00560 LRR_1 717-739 aa PF00560 LRR_1 741-761 aa PF00560 LRR_1 766-782 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789385.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 28 69 1.2e-07 32.5 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789385.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 203 225 1e-49 156.4 Leucine Rich Repeat
XP_057789385.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 252 274 1e-49 156.4 Leucine Rich Repeat
XP_057789385.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 276 295 1e-49 156.4 Leucine Rich Repeat
XP_057789385.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 280 336 2.1e-43 146.6 Leucine rich repeat
XP_057789385.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 301 361 2.1e-43 146.6 Leucine rich repeat
XP_057789385.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 326 346 1e-49 156.4 Leucine Rich Repeat
XP_057789385.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 426 439 9.4e-06 26.0 Leucine Rich repeat
XP_057789385.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 426 445 1e-49 156.4 Leucine Rich Repeat
XP_057789385.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 496 516 1e-49 156.4 Leucine Rich Repeat
XP_057789385.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 543 561 1e-49 156.4 Leucine Rich Repeat
XP_057789385.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 567 588 1e-49 156.4 Leucine Rich Repeat
XP_057789385.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 700 752 2.1e-43 146.6 Leucine rich repeat
XP_057789385.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 717 739 1e-49 156.4 Leucine Rich Repeat
XP_057789385.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 741 761 1e-49 156.4 Leucine Rich Repeat
XP_057789385.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 766 782 1e-49 156.4 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933402.1
AGTCCTTGATTTTTGTCTTTCTATGTATAGTGGCTTATTTAAAGCCACATACCTGCAAGTTTGTAGAAAGCACAATACAATCATCAATTAATTAATAGCCTCTTCACAATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCATCATTATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCACCTTCACCAATTCTTATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAACCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAATTGGACTTCTATTCCTCTCTTTCAACAAAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006225
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCATCATTATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCACCTTCACCAATTCTTATACCCAATGTCTTCACCATCAGAAAACCTTGTTGCTTCAACTCAAGGATGAATTGGACTTCTATTCCTCTCTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGTGATGAGTGCTGCAAGTGGCACGGTGTGGAATGTGATGTTGCTGGCTACGTCGTCAGTTTGCAGCTCGATAATGAGTCCATTTCTGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789385.1
MLPKLFFIIISTLISSFTFTNSYTQCLHHQKTLLLQLKDELDFYSSLSTKLVRWNESDECCKWHGVECDVAGYVVSLQLDNESISGGIADSSSLFKLMHLQKLNLAYNSFNNTPIPKGIHNLTYLTHLNLSSAEFGGQVPAEISSLRRLVSLDISYGFTISVKLEMLVSNLTGLRELYLDYANVNSAHERRKWSPIIASYLPNLTALSLSGCWLSGPLAKSFWQLHSLSILRLDFNEDLEIELPDLFANFPSLTTLSLSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器