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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005968

染色体: Chr01 坐标: 75378514-75379948 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005968
名称SmilChr01G005968
描述uncharacterized SmilChr01G005968
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75378514 - 75379948 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006235
GeneID131006235
locus_tag-
NCBI NameLOC131006235
原始查询LOC131006235

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830338]; symbol=AT5G04610; hit=AT5G04610; species=arabidopsis; confidence=high
产物S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830338]; symbol=AT5G04610; hit=AT5G04610; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G04610 (AT5G04610)
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830338]
identity=48.1; qcov=1.03; evalue=2.72e-112; confidence=high
RiceOs08g0520400
-
identity=39.9; qcov=1.05; evalue=5.37e-80; confidence=medium
GOGO:0006596 (polyamine biosynthetic process)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006235

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057789394.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057789394.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057789394.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789394.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789394.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75378664 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 57 A13,A22,A23,A6,B10,B110,B111,B112,B117,B129,B133,B136,B17,B19,B21,B30,B42,B43,B46,B5,B50,B6,B61,B63,B68,B73,B74,B80,B86,B87,B89,B9,B91,B97,C15,C20,C22,C30,C34,C35,C36,C39,C4,C40,C47,C48,C5,C51,C52,C56,C60,C63,C67,C8,C9,D3,D4
Chr1:75378671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B87,B88,C61
Chr1:75378717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B77
Chr1:75378819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr1:75378845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D10
Chr1:75378860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B137
Chr1:75378861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,D10
Chr1:75378864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B18,B40,C25
Chr1:75378886 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C9
Chr1:75378886 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C9
Chr1:75378898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,D6
Chr1:75378941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B47,B66,B76,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933411.1
AATCAATAATGTCGCTCGATCCATCAATATTCGAAACCACAGTCCCTTCCCGCTACATCACCTGCACACTCCCCCTCCACCGCCGCCTCCTCCGCGCCGCCGTCCTCGATTCCCCCTCCGCCGCGGCGCCCTCCTCCACCGCAGCCATGTGGGTCCCACATGGCCGCGAGTCGGACTGGATATTCTCCACCTTCTCCGGCCACCTCCAGCTCCTCCTCTCCTCCCCCACCCCCCACCCCCTCTCCCGCCTAATCCTTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006235
ATGTCGCTCGATCCATCAATATTCGAAACCACAGTCCCTTCCCGCTACATCACCTGCACACTCCCCCTCCACCGCCGCCTCCTCCGCGCCGCCGTCCTCGATTCCCCCTCCGCCGCGGCGCCCTCCTCCACCGCAGCCATGTGGGTCCCACATGGCCGCGAGTCGGACTGGATATTCTCCACCTTCTCCGGCCACCTCCAGCTCCTCCTCTCCTCCCCCACCCCCCACCCCCTCTCCCGCCTAATCCTTCTCGGCGATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789394.1
MSLDPSIFETTVPSRYITCTLPLHRRLLRAAVLDSPSAAAPSSTAAMWVPHGRESDWIFSTFSGHLQLLLSSPTPHPLSRLILLGDPPSCPNSPPRPSPSPPPHQNLAPLLLLLTPKSEFLGRGETPEVPLLIYEDEVVKNSILEICEGPRVGEMLIENVELVNGDGVSEFRRRLRFKRMPNFVQSQMRIRPRNDSISDNFDELEFELDKGALVQPYLSPMVAGIAVIHRFLEGRGRAGFRPRALCLGVGGGALLGFLAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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