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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005972`

染色体: Chr01 坐标: 75397096-75398816 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005972`
名称	SmilChr01G005972
描述	uncharacterized SmilChr01G005972
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	75397096 - 75398816 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006239`
GeneID	`131006239`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006239`
原始查询	`LOC131006239`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os09g0487700; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os09g0487700; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G57810` (AT3G57810) Cysteine proteinases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824950] identity=53.2; qcov=0.471; evalue=2.02e-50; confidence=medium
Rice	`Os09g0487700` - identity=46.6; qcov=0.692; evalue=1.91e-57; confidence=high
GO	GO:0004843 (cysteine-type deubiquitinase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0016579 (protein deubiquitination); GO:0030433 (GO:0030433); GO:0030968 (endoplasmic reticulum unfolded protein response)
KEGG	-
Pfam	PF02338 (OTU)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006239

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	0.60000	`XP_057789396.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.40000	`XP_057789396.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.20000	`XP_057789396.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789396.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789396.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:75397196`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B28,C86
`Chr1:75397196`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B28,C86
`Chr1:75397348`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B93,D6
`Chr1:75397934`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B81
`Chr1:75397935`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B130,B2,B23,B25
`Chr1:75398385`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr1:75398403`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr1:75398491`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B134,B90,B92,C79,C83
`Chr1:75398506`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr1:75398518`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr1:75398542`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,C52
`Chr1:75398562`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B128

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789396.1

295 aa

148

295

OTU

PF02338 OTU 156-284 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789396.1`	Pfam	`PF02338`	OTU	Domain	156	284	1.3e-24	87.8	OTU-like cysteine protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933413.1
ATTTATTAGTAATACTTTTGGAAGACTTGTATTGGTCAGTATCAGTAACAAACAGCTCGGGATATCCGATTCTGGTGATGTTTGGAGTTCTCTGCGGCCGTCCCAGACTTTGGCAGCTCTTACCCTACGCTCACGGCACGGCGGCGGCGCCTTTCGACCGCCTCCTGCGGAATCCCCTGCACACGTTGGCAGCTGCTGCCGACGGAAGAGACTTCTTCTCGCGATTTCCCCCGGTGAGGAGCGACGGCGCCGCCTCCGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006239
ATGTTTGGAGTTCTCTGCGGCCGTCCCAGACTTTGGCAGCTCTTACCCTACGCTCACGGCACGGCGGCGGCGCCTTTCGACCGCCTCCTGCGGAATCCCCTGCACACGTTGGCAGCTGCTGCCGACGGAAGAGACTTCTTCTCGCGATTTCCCCCGGTGAGGAGCGACGGCGCCGCCTCCGTCTGGCACACCATTCTGCCGTCGTACTGGCGGCGCAAGCGGCCGGCGGTGTTCGGCCGCCACGAGAGCGATGCGGTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789396.1
MFGVLCGRPRLWQLLPYAHGTAAAPFDRLLRNPLHTLAAAADGRDFFSRFPPVRSDGAASVWHTILPSYWRRKRPAVFGRHESDAVKHGEGSWNVAWDARPARWLHRPDSAWLLFGVSAGALQVDTDTDIDLDSDSEVLVARDESKTDNYRVTGVKADGRCLFRAIAHMACLRKGEEAPDEVRQKDLADELRAQVVEELLKRRKEVEWFIDEEFDMYVKRIEQPYIWGGEPELLMCSHVLRSPIRVFMKDKGSKNLIKVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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