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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006004

染色体: Chr01 坐标: 75614353-75617198 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006004
名称SmilChr01G006004
描述receptor-like protein 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75614353 - 75617198 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006254
GeneID131006254
locus_tag-
NCBI NameLOC131006254
原始查询LOC131006254

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 7
产物receptor-like protein 7
ArabidopsisAT1G47890 (RLP7)
receptor like protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841206]
identity=35.2; qcov=1.04; evalue=3.82e-117; confidence=medium
RiceOs01g0158600
-
identity=35.2; qcov=1.05; evalue=6.21e-138; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006254

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789418.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789418.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789418.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789418.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789418.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75614583 TCG T 2bp_deletion frameshift_variant 3 B16,B64,C54
Chr1:75614583 TCG T 2bp_deletion CDS_variant 3 B16,B64,C54
Chr1:75614584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B130,C82,D9
Chr1:75614591 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 8 B101,B18,B58,B75,B86,B94,C24,C5
Chr1:75614594 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 8 B101,B18,B58,B75,B86,B94,C24,C5
Chr1:75614627 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C55
Chr1:75614635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B34,B70,C78
Chr1:75614649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr1:75614664 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B73,B78,C12,C4
Chr1:75614723 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,B80
Chr1:75614776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C75,D10
Chr1:75614798 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789418.1
878 aa
N
1
439
878
LRRNT_2
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 28-68 aa PF00560 LRR_1 209-231 aa PF13855 LRR_8 256-316 aa PF00560 LRR_1 258-279 aa PF13855 LRR_8 305-366 aa PF00560 LRR_1 306-327 aa PF00560 LRR_1 406-424 aa PF00560 LRR_1 475-495 aa PF00560 LRR_1 546-567 aa PF00560 LRR_1 703-725 aa PF13855 LRR_8 703-762 aa PF00560 LRR_1 727-749 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789418.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 28 68 4e-08 34.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057789418.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 209 231 1.4e-46 147.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789418.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 256 316 2.8e-44 149.4 Leucine rich repeat
XP_057789418.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 258 279 1.4e-46 147.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789418.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 305 366 2.8e-44 149.4 Leucine rich repeat
XP_057789418.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 306 327 1.4e-46 147.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789418.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 406 424 1.4e-46 147.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789418.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 475 495 1.4e-46 147.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789418.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 546 567 1.4e-46 147.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789418.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 703 725 1.4e-46 147.0 Leucine Rich Repeat
XP_057789418.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 703 762 2.8e-44 149.4 Leucine rich repeat
XP_057789418.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 727 749 1.4e-46 147.0 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933435.1
AGAGCTCCCACTACACTGCAATAGCCTTTCTAAAGGCACATATCTCATACCTGCAAGTTTGTTGAAAACACAATACAATCATCAATTAATTAATAGCCTCTTCACTATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCATCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATCTTCACTCATTCTTACACCCATTGTCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAAATCAAGGATGAGCTGAGCTTCGATTCTTCTCTTTCAACAAAATTGGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006254
ATGCTTCCAAAGTTGTTCTTCATCATTTCTACACTAATTTCCTCCTTCATCTTCACTCATTCTTACACCCATTGTCTTCACCATCAGAAAATCTTGTTGCTTCAAATCAAGGATGAGCTGAGCTTCGATTCTTCTCTTTCAACAAAATTGGTGCGATGGAATGAAAGTGATGAGTGCTGCAATTGGAACGGTGTGGAATGTGATGCTGCTGGCTACGTCGTTAGTTTGCAGCTCGATAGTGAGTCCATTTATTCGGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789418.1
MLPKLFFIISTLISSFIFTHSYTHCLHHQKILLLQIKDELSFDSSLSTKLVRWNESDECCNWNGVECDAAGYVVSLQLDSESIYSGGIADSSSLFRLMNLQKLNLAYNDFNNTLIPKGIHNLTYLTHLNLSNTEFSGQVPLQLSFLRRLVCLDVSNNAYRDPLSLEYPNLEMLVQNLTGLRELYLDGVNVTSSHERKKWSHIISSYLPNLTALSLSGCGLSGPLAKSFWQLHSLSIIRLDLNDLGTELPDSFANFPTLTT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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