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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006005

染色体: Chr01 坐标: 75620335-75623815 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006005
名称SmilChr01G006005
描述protein GAMETE EXPRESSED 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75620335 - 75623815 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006263
GeneID131006263
locus_tag-
NCBI NameLOC131006263
原始查询LOC131006263

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein GAMETE EXPRESSED 1-like
产物protein GAMETE EXPRESSED 1-like
ArabidopsisAT5G55490 (GEX1)
gamete expressed protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835642]
identity=40.9; qcov=0.88; evalue=4.2e-133; confidence=medium
RiceOs09g0442400
-
identity=36.3; qcov=1.07; evalue=7.06e-133; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006263

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057789430.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057789430.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.80000 XP_057789430.1
4 Nucleus inner membrane Nucleus inner membrane 0.80000 XP_057789430.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789430.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75620906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B130,C82
Chr1:75620993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,C52,C9
Chr1:75621001 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr1:75621050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B45,B54,C56
Chr1:75621116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:75621128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:75621164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:75621178 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:75621214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr1:75621271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr1:75621325 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B117
Chr1:75621325 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B117

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933447.1
CAATAATTAATATTTACCTTTTTTTTTCTTTACTCAATATTTTTTATTCTTTTTCCAAGTAAGGAAGTTTTTTTCACTTTCATGATTTCGGCAGATTCTTTACCTTGGTGAACGCGAGCACCTTCAATTCACGGCGGCAAATTTCCATTCTCACAAGCTCTTGTTATAGCAACAGATTTATCCTTATATTTTGTGGTTGGAATCAATAATTTGTTGCTTTTCGTTTACTCAAAGCAATTGACGGCAAAAAAAGTTTCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006263
ATGGAGTTGTTGAGAGTAGTAATCGCAGTTGTCATAATTGTGTCATGGCAACTCCACCCTGCAAGCGGCTTCTGGTGGTCTTCCTCCGACACCGCCGCAACTCCGCCGTCCGTGAGCAACCACGGCGGAGCAGAATTTGCGTTGGATTCATTCGAAAACGACGAATGGGCCATGAATCTAATCGAAAACGGCAATCACCAAATGCGTGCATCACAATCTTGTTGGGTGAAGGCATACGAAAATCTATTTGGCGGCTGTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789430.1
MELLRVVIAVVIIVSWQLHPASGFWWSSSDTAATPPSVSNHGGAEFALDSFENDEWAMNLIENGNHQMRASQSCWVKAYENLFGGCTKIAADEDFKDRLTWDLSDCFQKHSGRRPFPYCNPKYPTKNCLNQLDKEAHNVFLQYFLRIDSICHQLQIHAFKDQTERLVNDLKRSAEYAEDKLQSINERGEILLVNSKHVNATLASIDEQTQLVEERSRNLQENLHVVKDYTVEVHEQSKEIAAAQEEMIQGQAKMRERLNE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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