Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005981`

染色体: Chr01 坐标: 75468432-75472066 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005981`
名称	SmilChr01G005981
描述	probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 7
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	75468432 - 75472066 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006265`
GeneID	`131006265`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006265`
原始查询	`LOC131006265`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 7
产物	probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 7
Arabidopsis	`AT3G10530` (AT3G10530) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820218] identity=66.9; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0183100` (OsWD40-5) - identity=62.1; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000462 (maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0005515 (protein binding); GO:0005730 (nucleolus); GO:0030686 (90S preribosome); GO:0032040 (small-subunit processome)
KEGG	-
Pfam	PF00400 (WD40); PF08149 (BING4CT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006265

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789436.1`
2	Nucleolus	核仁	1.00000	`XP_057789436.1`
3	Nucleolus rim	Nucleolus rim	0.60000	`XP_057789436.1`
4	Nucleolar fibrillar center	Nucleolar fibrillar center	0.20000	`XP_057789436.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789436.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:75468679`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C72
`Chr1:75468733`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B120,B36,B52
`Chr1:75468823`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B27,B29,C5,C54,C6
`Chr1:75468856`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B81
`Chr1:75468887`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B138,B95,C29,C46
`Chr1:75468970`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,C30,C85
`Chr1:75469057`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B128
`Chr1:75469266`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr1:75469422`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,B65
`Chr1:75469427`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr1:75469642`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B27,B29,C54,C6,C82
`Chr1:75470533`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789436.1

532 aa

266

532

WD40

BING4CT

PF00400 WD40 274-306 aa PF08149 BING4CT 354-432 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789436.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	274	306	1e-10	42.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057789436.1`	Pfam	`PF08149`	BING4CT	Repeat	354	432	1.4e-37	128.0	BING4CT (NUC141) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933453.1
ATACATTCGCAACACGAAAAACGATTCAGGGTTTAAGAGAGCCTTGCGTCAAAACCTCCGCCGTGAATACCTTCTCCGGTGACTCCGCGCCGTCCGGAGCAGCTGAACCTCGTGGCTTCGTATCGCCGTCGTCTTAATTTGATAATTTTCCATTGTTGAAGCCTAAGCAAACAGCAACAAACAAAGTATTTTACCAGGGAAGACGGTGAAAAAGATGGGGGTGAAGGCGGCAAAAGTGCAGAAAGTGAATCCCTCACCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006265
ATGGGGGTGAAGGCGGCAAAAGTGCAGAAAGTGAATCCCTCACCTGCCGTAGAGCAGTCTGAAGAGGAGAAAATGAAAGTACAGAAATATATGCGAGGGGAAGCTGCTGATTTGGGGGAACTACAAGATAAGAAATTGAAGGGTCAGTTGGCTGTGAGGGAAGAATTGTATGGGAAGTCTGCGCAAGCTGCTTTTCAGGCTGAGAAGTGGCTTATGCCAAGTGAAGGAGGTTATCTGGAAGTTGAGGGTATAGAGAAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789436.1
MGVKAAKVQKVNPSPAVEQSEEEKMKVQKYMRGEAADLGELQDKKLKGQLAVREELYGKSAQAAFQAEKWLMPSEGGYLEVEGIEKTWRIKQDAIAAEVDILSSRKQFDIVLPDFGPYTLDFSLSGRYMIAAGRKGHMALLDMKNMDLIKEFQVRETVRDVVFLHNQKLFAAAQKKYVYMYSDNGTEMHCLKEHGAVTKLQFLNKHFLLTSINKFGQLHYQDITTGEMIGNYRTGLGRSDTMEVNSYNNVIGVGHSGGTV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器