Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001708

染色体: Chr01 坐标: 31503072-31504277 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001708
名称SmilChr01G001708
描述ABC transporter B family member 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向31503072 - 31504277 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006282
GeneID131006282
locus_tag-
NCBI NameLOC131006282
原始查询LOC131006282

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter B family member 1-like
产物ABC transporter B family member 1-like
ArabidopsisAT2G36910 (ABCB1)
ATP binding cassette subfamily B1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818265]
identity=78.2; qcov=0.772; evalue=1.09e-119; confidence=high
RiceOs08g0564300 (OsABCB22)
-
identity=69.2; qcov=0.729; evalue=3.32e-106; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG-
PfamPF00664 (ABC_membrane)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006282

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057789463.1
2 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057789463.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057789463.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789463.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789463.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:31503089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr1:31503150 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B129,B32,D6
Chr1:31503182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,C43
Chr1:31503183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:31503210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr1:31503211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr1:31503280 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C65
Chr1:31503321 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B64,C42
Chr1:31503332 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr1:31503347 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr1:31503348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:31503350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789463.1
303 aa
N
1
152
303
ABC_membrane
C
PF00664 ABC_membrane 95-278 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789463.1 Pfam PF00664 ABC_membrane Family 95 278 1e-34 121.2 ABC transporter transmembrane region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933480.1
ATGAGACAAGAAGATGGCGATGAGGAGGAGATAAAGACGGTGCAGGAGCAGTGGAGATGGTCCGAACTGCAAGGCGTCGAGCTCGTTGTCTCATCTCACTCTGACACCTCGCCGCCGCCCAACCTCAACAACTCCCACGCTTCATCGTCAGCTGCCAATCCTAACCCGCTGTCAATGGAGCCCCACGGCGGCGGCGAACCGGAAAAAACAGGTTCGCCGCCGCCCTCCGTCGCGTTCCGCGAGCTCTTCCGGTTCGCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006282
ATGAGACAAGAAGATGGCGATGAGGAGGAGATAAAGACGGTGCAGGAGCAGTGGAGATGGTCCGAACTGCAAGGCGTCGAGCTCGTTGTCTCATCTCACTCTGACACCTCGCCGCCGCCCAACCTCAACAACTCCCACGCTTCATCGTCAGCTGCCAATCCTAACCCGCTGTCAATGGAGCCCCACGGCGGCGGCGAACCGGAAAAAACAGGTTCGCCGCCGCCCTCCGTCGCGTTCCGCGAGCTCTTCCGGTTCGCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789463.1
MRQEDGDEEEIKTVQEQWRWSELQGVELVVSSHSDTSPPPNLNNSHASSSAANPNPLSMEPHGGGEPEKTGSPPPSVAFRELFRFADRLDYALMTIGTVGAIVHGSSLPLFLRFFADLVNSFGSNADNVDKMSQEVLKNAFYFLAVGAAIWASSWAEISCWMWSGERQSTKMRIEYLEAALNQDIQFFDTEVRTSDVVFAINTDAVMVQDAISEKLGNFLHYMATFVSGFVVGFSAVWQLALVTLAVVPLIAAFGAIHTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器