Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G006029`

染色体: Chr01 坐标: 75840364-75843979 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G006029`
名称	SmilChr01G006029
描述	protein BTR1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	75840364 - 75843979 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006286`
GeneID	`131006286`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006286`
原始查询	`LOC131006286`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein BTR1
产物	protein BTR1
Arabidopsis	`AT5G04430` (BTR1L) binding to TOMV RNA 1L (long form) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830322] identity=63.6; qcov=0.939; evalue=1.33e-133; confidence=high
Rice	`Os02g0822300` - identity=57.4; qcov=1.02; evalue=1.78e-119; confidence=high
GO	GO:0003729 (mRNA binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol); GO:0010468 (regulation of gene expression)
KEGG	-
Pfam	PF00013 (KH_1); PF07650 (KH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006286

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057789465.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057789465.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.60000	`XP_057789465.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.40000	`XP_057789465.1`
5	Stress granule	Stress granule	0.40000	`XP_057789465.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:75840776`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr1:75841495`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B4,B82,C56,C65
`Chr1:75841582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,B27,C54
`Chr1:75841813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C9
`Chr1:75842263`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:75842304`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr1:75842458`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr1:75843068`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B60,B71,C62
`Chr1:75843129`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	37	A20,A24,A25,A4,B103,B115,B118,B120,B125,B16,B2,B21,B27,B42,B43,B52,B69,B72,B74,C13,C20,C25,C26,C29,C38,C46,C47,C48,C49,C54,C60,C61,C71,C75,C84,D3,D7
`Chr1:75843208`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B106,B23,B87,C6
`Chr1:75843352`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B2,B23,C30,D6
`Chr1:75843366`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B7,B85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789465.1

313 aa

156

313

KH_2

KH_1

PF07650 KH_2 30-65 aa PF00013 KH_1 32-97 aa PF00013 KH_1 118-182 aa PF00013 KH_1 236-301 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789465.1`	Pfam	`PF07650`	KH_2	Domain	30	65	5.1e-16	59.0	KH domain
`XP_057789465.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	32	97	1.5e-48	163.1	KH domain
`XP_057789465.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	118	182	1.5e-48	163.1	KH domain
`XP_057789465.1`	Pfam	`PF00013`	KH_1	Domain	236	301	1.5e-48	163.1	KH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933482.1
GTTAGCGAAGAAACAACACTTATATAGCAAATTGCACACACTGCAGGAAACCTTACCGCAGAAAGACATGCCGAAGGCTCCAGTTACAGCTCAAGCTCAGCACGTTCTTCAAACCCCCTCTCTTCCATTTCCAGTTTACGCGGCTCTTTCACCACCTAAGGTCGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACGTATACATACACTGTACTGTATCTATAGACTCTACGCACAGCAAAAAGTCGCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006286
ATGGAAATGGAACTCGATGCACCGTCGTTTGAGGCTCAACAGATTGAGTCGTCGCCGCACAAATCGACAGGCAATGAAGAGAAGGGCACTCATATTAGGTTTCTTTTATCCAATGCGGAAGCTGGTGCTATAATTGGAAAAGGTGGCTCAACAATAAATGAGATTAAGTCACAATCTGGAGCCCGCATCCAGTTGTCACGCAACAATGAGTATTTTCCTGGCACATCTGATAGGATTATCATGGTCTCTGGAGCAGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789465.1
MEMELDAPSFEAQQIESSPHKSTGNEEKGTHIRFLLSNAEAGAIIGKGGSTINEIKSQSGARIQLSRNNEYFPGTSDRIIMVSGAVDDILKAADLILSRLMDEFYAEDGAEMDPESKIRLVVPNSSCGGIIGKAGANIRSLIEESGADIKISPQDMYYPGLQDRLVTVAGTLAEQMRAIELIVLKLLEDPYYQHSANTPFPYAALMYNGMNYGPNGAGVMYQNNRQPNKEDRSSSITIGVADEHIGLVVGRGGRNLMEIT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器