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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006036

染色体: Chr01 坐标: 75871134-75873733 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006036
名称SmilChr01G006036
描述receptor-like protein 33
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向75871134 - 75873733 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006291
GeneID131006291
locus_tag-
NCBI NameLOC131006291
原始查询LOC131006291

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 33
产物receptor-like protein 33
ArabidopsisAT2G33060 (RLP27)
receptor like protein 27 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817868]
identity=40; qcov=0.913; evalue=2.78e-118; confidence=medium
RiceOs01g0132100
-
identity=38.8; qcov=0.976; evalue=6.25e-129; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006291

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789472.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789472.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789472.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789472.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789472.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:75871297 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 106 A11,A13,A14,A15,A16,A24,A6,A8,B101,B103,B104,B106,B107,B109,B11,B111,B120,B121,B123,B127,B128,B13,B132,B14,B17,B2,B24,B26,B28,B29,B30,B32,B33,B35,B36,B37,B45,B47,B48,B5,B50,B52,B53,B54,B59,B62,B63,B65,B67,B70,B72,B76,B79,B8,B80,B81,B83,B85,B86,B87,B88,B91,B93,B95,B99,C1,C13,C16,C17,C18,C19,C22,C27,C29,C30,C33,C34,C36,C4,C41,C47,C5,C50,C53,C56,C57,C58,C61,C63,C64,C66,C7,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C8,C80,C82,C87,C9,D6,D8,D9
Chr1:75871621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:75871658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,B61
Chr1:75871703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B14,B16
Chr1:75872140 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B38,B79,C31,D5
Chr1:75872156 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr1:75872222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B32,B48,C58
Chr1:75872432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B32,B48,C58
Chr1:75872433 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr1:75872725 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr1:75872756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B39,B45,B61,C56
Chr1:75873134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789472.1
737 aa
N
1
368
737
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
C
PF13855 LRR_8 94-153 aa PF00560 LRR_1 118-139 aa PF13855 LRR_8 157-201 aa PF00560 LRR_1 167-189 aa PF00560 LRR_1 261-283 aa PF00560 LRR_1 351-369 aa PF00560 LRR_1 377-395 aa PF00560 LRR_1 399-421 aa PF00560 LRR_1 468-485 aa PF00560 LRR_1 538-558 aa PF13855 LRR_8 538-595 aa PF00560 LRR_1 560-582 aa PF00560 LRR_1 587-606 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789472.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 94 153 5.9e-49 164.4 Leucine rich repeat
XP_057789472.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 118 139 1.6e-45 143.9 Leucine Rich Repeat
XP_057789472.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 157 201 5.9e-49 164.4 Leucine rich repeat
XP_057789472.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 167 189 1.6e-45 143.9 Leucine Rich Repeat
XP_057789472.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 261 283 1.6e-45 143.9 Leucine Rich Repeat
XP_057789472.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 351 369 1.6e-45 143.9 Leucine Rich Repeat
XP_057789472.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 377 395 1.6e-45 143.9 Leucine Rich Repeat
XP_057789472.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 399 421 1.6e-45 143.9 Leucine Rich Repeat
XP_057789472.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 468 485 1.6e-45 143.9 Leucine Rich Repeat
XP_057789472.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 538 558 1.6e-45 143.9 Leucine Rich Repeat
XP_057789472.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 538 595 5.9e-49 164.4 Leucine rich repeat
XP_057789472.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 560 582 1.6e-45 143.9 Leucine Rich Repeat
XP_057789472.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 587 606 1.6e-45 143.9 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933489.1
AGAAAAGTCCTATTTGCAATGGCTGTTGCTTGGCTTCTCATCTTCTTCTTCGTAACATTTGTGGACTGTGAATGCCTCGATGATCAAAAACAATTGTTACTCGAGCTGAGGAGTGAGTTAATCTTCAATGTTTCCGACTCCCCTGATTTAGTGATGTGGAATGCGACGGAAACACATGATTGTTGCCAATGGCACGGCGTGGAATGTGATGGCGCTGGCCGCGTTGTCACCTTGGGCCTCGCCTACAACGCCATCTCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006291
ATGCGACGGAAACACATGATTGTTGCCAATGGCACGGCGTGGAATGTGATGGCGCTGGCCGCGTTGTCACCTTGGGCCTCGCCTACAACGCCATCTCCGGCGGAATCGATTCCGACGAGTATTCATCGCCTCACAAATTTGCGGCGACTCTATTTGGGTTACGCTGGTTTCATCGGACCAATTCCGTCCACGCTCTCCAACCTAACAAACCTAATTGAGCTGGAGTTGACTGGTAATTTTCTCACTGGTTCACTTCCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789472.1
MRRKHMIVANGTAWNVMALAALSPWASPTTPSPAESIPTSIHRLTNLRRLYLGYAGFIGPIPSTLSNLTNLIELELTGNFLTGSLPSFYMCSKLEFIGLRDNNLIGSVEHLHFEGLISLSLLDLSGNSLSGSVPHQLFTLPSIHALYLSNNRFNGKIEEFTIVNVSNLAELDLSGNRIEGSIPNSFFQLRSLNSLRLSHNLFNGSFQLQKIQNLRRLTGLDLSYNNLSVETTNMSSIPQLTSLSLSSCNLHGFPNLTSQS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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