Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G006038`

染色体: Chr01 坐标: 75882543-75886160 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G006038`
名称	SmilChr01G006038
描述	NAC domain-containing protein 78-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	75882543 - 75886160 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006292`
GeneID	`131006292`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006292`
原始查询	`LOC131006292`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	NAC domain-containing protein 78-like
产物	NAC domain-containing protein 78-like
Arabidopsis	`AT5G04410` (NAC2) NAC domain containing protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830320] identity=39; qcov=1.06; evalue=1.12e-120; confidence=medium
Rice	`Os08g0562200` (OsNTL5) - identity=60.8; qcov=0.388; evalue=1.28e-75; confidence=low
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF02365 (NAM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006292

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789473.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789473.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789473.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789473.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057789473.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:75883939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr1:75884631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B10,B42,B43,B49,D4
`Chr1:75884832`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B7
`Chr1:75884893`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr1:75885096`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr1:75885393`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr1:75885596`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr1:75885671`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr1:75885678`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:75885698`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr1:75885858`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	B1,B28,B59,B7,B75,B80,B83,B97,C39,C5,C74
`Chr1:75885862`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789473.1

551 aa

276

551

NAM

PF02365 NAM 19-144 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789473.1`	Pfam	`PF02365`	NAM	Family	19	144	4e-46	157.2	No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933490.1
AACCAAATAGATGATTTCAAAATATTAATTTAACTTTAAATTGAGAAAACTAATGAACGCTATAACGCCGTCGCATATTTAACAGCGGGCGCCTTCACTTAACCTAACTTACGTCAGCTCCGTCACCGTCACCGTCAATTTATCCGCCCTTCATAAAGCAAAATTAGGCTATTTTTCCTCCAAAAGCTTCACCTCCAATGGCAATGGCGATCCCCTCCTATCAACCCCACTAACCACCCCCAACCCACCACACCCCACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006292
ATGGAGCTGAAAACGAGCCGGAAGAAACCATCAAGCATGTCGAATATGCTCGGTCCGGGCTTCCGATTCCACCCGACCGATGAGGAATTGGTGCAGTATTATCTGCGGCGAAAAACCAGCGGAAAATTTTGCCGATTCGACGCTATTACTGATGTCGATGTCTACAAGGTCGAGCCCTGGGATCTTCCATACATGTCAAAGCTGAAGACCAGAGATTTGGAGTGGTATTTCTTCAGTTTCCTGGACAAGAAGTATGGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789473.1
MELKTSRKKPSSMSNMLGPGFRFHPTDEELVQYYLRRKTSGKFCRFDAITDVDVYKVEPWDLPYMSKLKTRDLEWYFFSFLDKKYGNGARTNRATEKGYWKTTGKDRPVYHKRQIVGMKKTLVYHCGRAPKGQRSNWVMHEYRLAGSELENAGAAKDAFVVCRIFQKSGSGPKNGEQYGAPFVEEEWDDDELVSVPQDDARQEIDFGDNAYLNCDDLQQILGSDVPLNITPVSSDGSHDGEATNTFGGTQNPFEFAGDGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器