当前解析结果
SmilChr01G006075| 统一新 Gene ID | SmilChr01G006075 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G006075 |
| 描述 | receptor-like protein 36 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 76204930 - 76207442 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006337 |
|---|---|
| GeneID | 131006337 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006337 |
| 原始查询 | LOC131006337 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | receptor-like protein 36 |
| 产物 | receptor-like protein 36 |
| Arabidopsis | AT3G23010 (RLP36)receptor like protein 36 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821875] identity=44.3; qcov=0.93; evalue=3.47e-20; confidence=low |
| Rice | Os02g0609900- identity=45.4; qcov=0.947; evalue=8.21e-21; confidence=medium |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00560 (LRR_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006337 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057789531.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057789531.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.20000 | XP_057789531.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789531.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789531.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:76206159 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B15,B6 |
Chr1:76206176 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B46,B67 |
Chr1:76206183 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C69 |
Chr1:76206187 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B111,B63,B82,B95,C72 |
Chr1:76207184 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C36 |
Chr1:76207253 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B98 |
Chr1:76207273 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C54 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789531.1PF00560
LRR_1 19-40 aa
PF00560
LRR_1 47-68 aa
PF00560
LRR_1 70-91 aa
PF00560
LRR_1 94-109 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789531.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 19 | 40 | 2.2e-12 | 45.3 | Leucine Rich Repeat |
XP_057789531.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 47 | 68 | 2.2e-12 | 45.3 | Leucine Rich Repeat |
XP_057789531.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 70 | 91 | 2.2e-12 | 45.3 | Leucine Rich Repeat |
XP_057789531.1 |
Pfam | PF00560 |
LRR_1 | Repeat | 94 | 109 | 2.2e-12 | 45.3 | Leucine Rich Repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。