当前解析结果
SmilChr01G006186| 统一新 Gene ID | SmilChr01G006186 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G006186 |
| 描述 | purple acid phosphatase 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 77401606 - 77406210 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131006411 |
|---|---|
| GeneID | 131006411 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006411 |
| 原始查询 | LOC131006411 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | purple acid phosphatase 2-like |
| 产物 | purple acid phosphatase 2-like |
| Arabidopsis | AT2G27190 (PAP12)purple acid phosphatase 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817261] identity=71.1; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0776600 (OsPAP10a)- identity=69.9; qcov=0.951; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0003993 (acid phosphatase activity); GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00149 (Metallophos); PF14008 (Metallophos_C); PF16656 (Pur_ac_phosph_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006411 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057789565.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057789565.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789565.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789565.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789565.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:77401942 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr1:77402662 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B15,B97,C1,C15 |
Chr1:77402683 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B15,B97,C1,C15 |
Chr1:77403733 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:77404625 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:77404962 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B33,B98,C32,C68 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789565.1PF16656
Pur_ac_phosph_N 57-148 aa
PF00149
Metallophos 159-357 aa
PF14008
Metallophos_C 383-442 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789565.1 |
Pfam | PF16656 |
Pur_ac_phosph_N | Domain | 57 | 148 | 5.2e-22 | 79.0 | Purple acid Phosphatase, N-terminal domain |
XP_057789565.1 |
Pfam | PF00149 |
Metallophos | Domain | 159 | 357 | 4.5e-24 | 86.7 | Calcineurin-like phosphoesterase |
XP_057789565.1 |
Pfam | PF14008 |
Metallophos_C | Domain | 383 | 442 | 5.1e-20 | 72.6 | Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。