当前解析结果
SmilChr01G006188| 统一新 Gene ID | SmilChr01G006188 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G006188 |
| 描述 | LOB domain-containing protein 15-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 77420738 - 77421968 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006412 |
|---|---|
| GeneID | 131006412 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006412 |
| 原始查询 | LOC131006412 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | LOB domain-containing protein 15-like |
| 产物 | LOB domain-containing protein 15-like |
| Arabidopsis | AT2G40470 (LBD15)LOB domain-containing protein 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818641] identity=82.3; qcov=0.757; evalue=2.71e-76; confidence=high |
| Rice | Os01g0825000- identity=51; qcov=1.29; evalue=7.35e-74; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03195 (LOB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006412 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057789566.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789566.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789566.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789566.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057789566.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:77421251 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr1:77421411 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:77421419 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | D10,D11 |
Chr1:77421464 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C50 |
Chr1:77421539 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C22 |
Chr1:77421663 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B123,B26,D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789566.1PF03195
LOB 35-132 aa
XP_057789567.1PF03195
LOB 35-131 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789566.1 |
Pfam | PF03195 |
LOB | Family | 35 | 132 | 7.8e-41 | 139.4 | Lateral organ boundaries (LOB) domain |
XP_057789567.1 |
Pfam | PF03195 |
LOB | Family | 35 | 131 | 1.3e-38 | 132.3 | Lateral organ boundaries (LOB) domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。