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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G006196

染色体: Chr01 坐标: 77615967-77617944 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G006196
名称SmilChr01G006196
描述uncharacterized SmilChr01G006196
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向77615967 - 77617944 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006418
GeneID131006418
locus_tag-
NCBI NameLOC131006418
原始查询LOC131006418

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述potassium transporter [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824796]; symbol=AT3G56290; hit=AT3G56290; species=arabidopsis; confidence=high
产物potassium transporter [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824796]; symbol=AT3G56290; hit=AT3G56290; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G56290 (AT3G56290)
potassium transporter [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824796]
identity=83.2; qcov=0.688; evalue=1.13e-68; confidence=high
RiceOs01g0823600
-
identity=80.2; qcov=0.699; evalue=2.1e-67; confidence=high
GOGO:0009658 (chloroplast organization); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006418

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057789572.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057789572.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057789572.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057789572.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789572.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:77616091 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:77617592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B22,B88
Chr1:77617742 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 53 A11,A13,A18,A24,B113,B117,B122,B125,B126,B127,B134,B136,B140,B19,B22,B24,B33,B47,B48,B49,B5,B59,B61,B69,B73,B75,B76,B80,B82,B93,B94,B98,C13,C16,C17,C19,C2,C29,C31,C32,C42,C46,C49,C50,C56,C68,C71,C73,C77,C79,C83,D11,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933589.1
CCTCGAGTGGTAATCATGCAATCTTACACTCCAAATCAGAAAACAAGCTTCCAAAACACACACAATATGACTTCCGCTCCGCCTCACATTTAAATATTCTCTCTTCTCTACTGCCTAGCTCTCCATTTATATATATAGAGAGAGATAGTGTGTTCCTGCTTCAAATTGACATTGAAGAAATAGAGATACAAGATATATATATGGGATTTAAGGCACTTGGTCTGCTTCTTCCTCCAACACCCACTGCACACACATATTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006418
ATGGGATTTAAGGCACTTGGTCTGCTTCTTCCTCCAACACCCACTGCACACACATATTCACACTACAATTTTAACTGCAGAGGAAGAAGCTCATCAAAAGTTGGAACGGTGTGCGCCAAGAAAGAGAATGTGGAAGAAGAACCCATACCCAAGAGGAAACAATCCCTATTTGAGAGTGTGACAGAAGCCCTAGATTTCTCCCAGGTTAGGTCAGCTCGTGATGCCGAGCTGCTCGATGAAGCTAGAGAAGCCACCAAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789572.1
MGFKALGLLLPPTPTAHTYSHYNFNCRGRSSSKVGTVCAKKENVEEEPIPKRKQSLFESVTEALDFSQVRSARDAELLDEAREATKSGDKMSREQYGALRRKIGGTYKDFFKSYVDVDGVYVEEGWVDKTCKVCKKDTKGEARQVDKLGRYVHVACLQKPSSSGNFFTKLFSK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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