当前解析结果
SmilChr01G001741| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001741 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001741 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G001741 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 32092271 - 32093782 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006422 |
|---|---|
| GeneID | 131006422 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006422 |
| 原始查询 | LOC131006422 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | AT1G43760 (AT1G43760)DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=27.6; qcov=0.779; evalue=1.14e-33; confidence=low |
| Rice | Os06g0484800- identity=24.8; qcov=0.809; evalue=1.71e-36; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006422 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057789577.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057789577.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789577.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789577.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789577.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:32092282 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr1:32092291 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A21,B117 |
Chr1:32092295 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 14 | B101,B113,B126,B131,B15,B31,B33,B6,B66,B69,B99,C34,C51,D7 |
Chr1:32092327 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B12,B42,B43,C19,D4 |
Chr1:32092331 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,B140 |
Chr1:32092344 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B110,C39 |
Chr1:32092351 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 39 | A4,A6,A8,A9,B103,B113,B114,B115,B117,B123,B126,B127,B128,B134,B16,B22,B25,B29,B33,B34,B37,B50,B65,B73,B81,B97,C18,C29,C3,C31,C37,C49,C50,C55,C57,D1,D4,D7,D9 |
Chr1:32092361 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr1:32092378 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr1:32092386 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C79 |
Chr1:32092408 |
TTA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 9 | B101,B131,B31,B6,B66,B81,B99,C51,D7 |
Chr1:32092460 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C71 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。