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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000392

染色体: Chr01 坐标: 8063366-8067583 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000392
名称SmilChr01G000392
描述ribonuclease 2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向8063366 - 8067583 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006481
GeneID131006481
locus_tag-
NCBI NameLOC131006481
原始查询LOC131006481

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ribonuclease 2-like
产物ribonuclease 2-like
ArabidopsisAT2G39780 (RNS2)
ribonuclease 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818563]
identity=59.8; qcov=0.868; evalue=4.2e-100; confidence=high
RiceOs01g0897200 (OsRNS2)
-
identity=51; qcov=0.871; evalue=6.8e-81; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005576 (extracellular region); GO:0006401 (RNA catabolic process); GO:0033897 (ribonuclease T2 activity)
KEGG-
PfamPF00445 (Ribonuclease_T2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006481

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057789620.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057789620.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789620.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789620.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789620.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:8066969 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B29
Chr1:8067361 G GCT 2bp_insertion frameshift_variant 12 A18,B110,B124,B16,B6,B8,B88,C11,C22,C67,C69,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789620.1
272 aa
N
1
136
272
Ribonuclease_T2
C
PF00445 Ribonuclease_T2 52-240 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789620.1 Pfam PF00445 Ribonuclease_T2 Domain 52 240 1.7e-45 156.2 Ribonuclease T2 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933637.1
TAAACGGATATTACCCCAAAAATGTAAGAAAAGGTTTATCTTCAATATTCTCTGCGATTGATCCGCTTTCCAAGATCGCATCGCGCGTTTTCTACTCCGCCCCGATGGTTTCTCTCCTCGCCCGCCGGATTGATTTACAGAAAATCCAATGCATTATCTTCGCAATTTTTTGGATCGGATCATCCTGTGCGGCGGAGATGAGCGCTAGTTCGGATTTGGGGGAGTTGTCGGTGAGATCAGGCAATCAACAGAGAGAATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006481
ATGGTTTCTCTCCTCGCCCGCCGGATTGATTTACAGAAAATCCAATGCATTATCTTCGCAATTTTTTGGATCGGATCATCCTGTGCGGCGGAGATGAGCGCTAGTTCGGATTTGGGGGAGTTGTCGGTGAGATCAGGCAATCAACAGAGAGAATTTGATTACTTCATGCTGTCTTTTCTATGGCCGGGAACAGCCTGCCTCTCGTCTGGTGGTGAATGCTGCCACTCCAATGCCTGCTGTCGCCGTTCGAGTGCCTTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789620.1
MVSLLARRIDLQKIQCIIFAIFWIGSSCAAEMSASSDLGELSVRSGNQQREFDYFMLSFLWPGTACLSSGGECCHSNACCRRSSALTEFTIHGLWPDYNDGTWPACCPGKRFDIKKISTLLSTMNKYWPSYSCESSSNCHGGTGLFWEHEWEKHGPCSFPIIRDEYDYFMTVLNLYFKYNVTEILGEAGYVASNSEKYPLGGMVSAIENAFHATPALVCSGDAVEELRLCFCKDFKFRDCAVETSCPKYVSLPEFISSGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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