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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000393

染色体: Chr01 坐标: 8068297-8074281 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000393
名称SmilChr01G000393
描述uncharacterized SmilChr01G000393
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向8068297 - 8074281 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006482
GeneID131006482
locus_tag-
NCBI NameLOC131006482
原始查询LOC131006482

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834887]; symbol=AT5G48340; hit=AT5G48340; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834887]; symbol=AT5G48340; hit=AT5G48340; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G48340 (AT5G48340)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834887]
identity=48; qcov=0.99; evalue=2.42e-167; confidence=high
RiceOs01g0897100
-
identity=46.8; qcov=0.983; evalue=4.53e-148; confidence=high
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF08446 (PAS_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006482

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789621.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057789624.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057789621.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789624.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789624.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:8069403 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B9
Chr1:8069403 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B9
Chr1:8069931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr1:8069979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B121,C30
Chr1:8070053 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,D1
Chr1:8070079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,D8
Chr1:8070363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C5
Chr1:8070410 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C30
Chr1:8072015 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,D11
Chr1:8072061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B55
Chr1:8072305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,C20,C87
Chr1:8072679 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789621.1
642 aa
N
1
321
642
PAS_2
C
PF08446 PAS_2 65-113 aa
XP_057789622.1
642 aa
N
1
321
642
PAS_2
C
PF08446 PAS_2 65-113 aa
XP_057789623.1
642 aa
N
1
321
642
PAS_2
C
PF08446 PAS_2 65-113 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789621.1 Pfam PF08446 PAS_2 Domain 65 113 2.6e-14 54.5 PAS fold
XP_057789622.1 Pfam PF08446 PAS_2 Domain 65 113 2.6e-14 54.5 PAS fold
XP_057789623.1 Pfam PF08446 PAS_2 Domain 65 113 2.6e-14 54.5 PAS fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933638.1
AAACGTTTTGTCCTCCGGTTTCATTTCGCAGCGCTCCTTAACCGGTTCTGAACACAGAAACCCATTTAGATTCGAGATTCGAGCGACCATTCATAGCGGTGGCCGGACAATAGATTGAATTGCTCGGATTTTTCTTTCGCGGAAGTTTAATACACAAATCGCTTTAAATATTTTTTAAATCGTGGAGGGAGAGAGTGCAGACGATTGTGGTCTTTCGCATTCCTAATTCTCCACCCTAAATTTGTGCGAAATTCTTCAGC...
XM_057933640.1
AAACGTTTTGTCCTCCGGTTTCATTTCGCAGCGCTCCTTAACCGGTTCTGAACACAGAAACCCATTTAGATTCGAGATTCGAGCGACCATTCATAGCGGTGGCCGGACAATAGATTGAATTGCTCGGATTTTTCTTTCGCGGAAGTTTAATACACAAATCGCTTTAAATATTTTTTAAATCGTGGAGGGAGAGAGTGCAGACGATTGTGGTCTTTCGCATTCCTAATTCTCCACCCTAAATTTGTGCGAAATTCTTCAGC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131006482
ATGTCGAAAACGACGACCAAGAAGAGCAGCTGTTCAAGGGGGAGCTCAGTGAGGTTGAGATCTGGCGCTTGTGTACTAATTCAGACCCCAATCGCCGCGAGGCTCCATGTGGATTACGAGCAATCGGAGCAGCAGTTCGATTACTCGACTTCCGTTAACGCGTCTAGCGATGTTCCGTCTTCGACGGTGTCGGCTTATCTCCAGAAGATGCAGAGGAGAAGCCTAATTCAGCCTTTTGGTTGCTTGATTGTTGTTGATGA...
LOC131006482
ATGTCGAAAACGACGACCAAGAAGAGCAGCTGTTCAAGGGGGAGCTCAGTGAGGTTGAGATCTGGCGCTTGTGTACTAATTCAGACCCCAATCGCCGCGAGGCTCCATGTGGATTACGAGCAATCGGAGCAGCAGTTCGATTACTCGACTTCCGTTAACGCGTCTAGCGATGTTCCGTCTTCGACGGTGTCGGCTTATCTCCAGAAGATGCAGAGGAGAAGCCTAATTCAGCCTTTTGGTTGCTTGATTGTTGTTGATGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057789621.1
MSKTTTKKSSCSRGSSVRLRSGACVLIQTPIAARLHVDYEQSEQQFDYSTSVNASSDVPSSTVSAYLQKMQRRSLIQPFGCLIVVDEESFSVLAYSENASEMLDLAPHTVPNMEQQEEFSSEMLQLFLREPAWDDDARNDEYIKQRISLLDELERLIWSFISSGSRSEARLWLCNTISSINSIRPRYQRDLFLSLLRSKPIKWHLASQLLQLIFEKQPQKMGPIIARKSCKLEKFFKGNPRRILQWFSNFAGTGGTDHGK...
XP_057789622.1
MSKTTTKKSSCSRGSSVRLRSGACVLIQTPIAARLHVDYEQSEQQFDYSTSVNASSDVPSSTVSAYLQKMQRRSLIQPFGCLIVVDEESFSVLAYSENASEMLDLAPHTVPNMEQQEEFSSEMLQLFLREPAWDDDARNDEYIKQRISLLDELERLIWSFISSGSRSEARLWLCNTISSINSIRPRYQRDLFLSLLRSKPIKWHLASQLLQLIFEKQPQKMGPIIARKSCKLEKFFKGNPRRILQWFSNFAGTGGTDHGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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