Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000438`

染色体: Chr01 坐标: 8799929-8801659 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000438`
名称	SmilChr01G000438
描述	40S ribosomal protein S14-3
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	8799929 - 8801659 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006510`
GeneID	`131006510`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006510`
原始查询	`LOC131006510`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	40S ribosomal protein S14-3
产物	40S ribosomal protein S14-3
Arabidopsis	`AT3G52580` (AT3G52580) Ribosomal protein S11 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824424] identity=92.1; qcov=0.927; evalue=2.28e-93; confidence=high
Rice	`Os02g0162500` - identity=92.8; qcov=0.927; evalue=4.29e-95; confidence=high
GO	GO:0000028 (ribosomal small subunit assembly); GO:0000462 (maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit); GO:0048027 (mRNA 5'-UTR binding); GO:0070181 (small ribosomal subunit rRNA binding)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00411 (Ribosomal_S11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006510

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057789641.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057789641.1`
3	Nucleolus	核仁	0.40000	`XP_057789641.1`
4	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057789641.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789641.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:8800110`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B98,D10
`Chr1:8800112`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B98,D10
`Chr1:8800118`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:8800133`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B98,D10
`Chr1:8800136`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B98,D10
`Chr1:8800367`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B98,C18,C44
`Chr1:8800398`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B98,C18,C44
`Chr1:8801270`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,C51,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789641.1

150 aa

150

Ribosomal_S11

PF00411 Ribosomal_S11 28-146 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789641.1`	Pfam	`PF00411`	Ribosomal_S11	Family	28	146	5.3e-47	159.5	Ribosomal protein S11

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933658.1
CATATACTAATGCTCGCTGAGCCCATCTATTTTCTATTTTTATTTTGAAACCCTAATTTCTTAAACCTCTTCCATAAATCGCCGCTGCACTGCATTCCATCATCTTATTCAGGCGAATCAGCTCACACTCAGGGTTTTTGATCTGCACCCATCCCTCTTGTCTTCCTTCATCGTAGCCGAAAGCCATGTCGAAGAGAAAGACTAGAGAGCCCAAGGAAGAGAATGTCACGCTTGGACCTGCTACTAGGGACGGAGAATTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006510
ATGTCGAAGAGAAAGACTAGAGAGCCCAAGGAAGAGAATGTCACGCTTGGACCTGCTACTAGGGACGGAGAATTGGTCTTTGGTGTTGCCCACGTTTTTGCCTCGTTCAACGACACCTTCATTCACGTGACCGATTTGTCTGGGCGTGAGACCATGGTCCGCATTACAGGTGGTATGAAGGTTAAAGCTGACAGGGATGAATCATCTCCCTATGCTGCTATGCTTGCAGCGCAAGATGTTTCTCAGAGATGCAAGGAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789641.1
MSKRKTREPKEENVTLGPATRDGELVFGVAHVFASFNDTFIHVTDLSGRETMVRITGGMKVKADRDESSPYAAMLAAQDVSQRCKELGINALHIKLRATGGNKTKTPGPGAQSALRALARSGMKIGRIEDVTPIPTDSTRRKGGRRGRRL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器