Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000454`

染色体: Chr01 坐标: 9207323-9209472 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000454`
名称	SmilChr01G000454
描述	glutamate--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	9207323 - 9209472 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006522`
GeneID	`131006522`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006522`
原始查询	`LOC131006522`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	glutamate--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial-like
产物	glutamate--tRNA ligase%2C chloroplastic/mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT5G64050` (ERS) glutamate tRNA synthetase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836526] identity=81.8; qcov=0.579; evalue=5.94e-26; confidence=medium
Rice	`Os02g0121000` - identity=59.7; qcov=0.811; evalue=4.36e-24; confidence=medium
GO	GO:0004818 (glutamate-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006424 (glutamyl-tRNA aminoacylation)
KEGG	-
Pfam	PF00749 (tRNA-synt_1c)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006522

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057789657.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057789658.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057789657.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057789658.1`
5	Secreted	分泌到胞外	0.20000	`XP_057789658.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:9207971`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D11
`Chr1:9207971`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:9208167`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B110,B14,B44,B53,C72,C87,D6
`Chr1:9208627`	`TAG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	A19,B101,B54,C35
`Chr1:9208627`	`TAG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	4	A19,B101,B54,C35
`Chr1:9208711`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:9208831`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B57
`Chr1:9209140`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	A19,B101,B54,C35
`Chr1:9209140`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	4	A19,B101,B54,C35
`Chr1:9209165`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:9209188`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789657.1

96 aa

tRNA-synt_1c

PF00749 tRNA-synt_1c 10-69 aa

XP_057789658.1

95 aa

tRNA-synt_1c

PF00749 tRNA-synt_1c 17-68 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789657.1`	Pfam	`PF00749`	tRNA-synt_1c	Domain	10	69	5.4e-11	42.7	tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain
`XP_057789658.1`	Pfam	`PF00749`	tRNA-synt_1c	Domain	17	68	2.7e-10	40.4	tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA

XR_009095566.1
TTGAAATTGATTTCCCTCAATTTGTTTTCCTCCCTCCAAATTTCACCAATAAAGCACAAACCCTAGTAATTCTTGGTTGTGCCCGCCGTTTCCAAAACATAGTCTTCACCTCTCCACCAAATTCATTCTTTCTTTCACACAAGTCTTCCGCTCCCCCCTTCTCCTAAATCGAACCGCGCGCCGCCCCTAATCATCAAATCTATCTCGCCGCCAACGCCGAATAAAGTCATTCGACGTCCCTCGCTGAAGACCGATCGCCG...

XR_009095568.1
TTGATTTCCCTCAATTTGTTTTCCTCCCTCCAAATTTCACCAATAAAGCACAAACCCTAGTAATTCTTGGTTGTGCCCGCCGTTTCCAAAACATAGTCTTCACCTCTCCACCAAATTCATTCTTTCTTTCACACAAGTCTTCCGCTCCCCCCTTCTCCTAAATCGAACCGCGCGCCGCCCCTAATCATCAAATCTATCTCGCCGCCAACGCCGAATAAAGTCATTCGACGTCCCTCGCTGAAGACCGATCGCCGCGCGGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131006522
ATGGAAGCTTTGAACCGCCGGCTCCAATTTCAGCGCTTTTATTTTTATAAGGTATGTTGGAATCTTAACACACTTAGAGATTTTGTGGTTATGAGAAGTAAAGGGCAACCTGTATACAACTTTTGTGTAACCGTTGATGATGCTACCATGGCTATCTCGAATGCCATTAGAGCTGAAGAGTACTTGCCAAATACTTTGAGAAAATTAGCGATTGGAATAGAGAGAATAGAAAGAGGAGAGAGCCGACTTTGTGCATGTGG...

LOC131006522
ATGCCTTATGCTCATAGAATGGGGCTAATTTCAGATCAATATTTCAAGGTATGTTGGAATCTTAACACACTTAGAGATTTTGTGGTTATGAGAAGTAAAGGGCAACCTGTATACAACTTTTGTGTAACCGTTGATGATGCTACCATGGCTATCTCGAATGCCATTAGAGCTGAAGAGTACTTGCCAAATACTTTGAGAAAATTAGCGATTGGAATAGAGAGAATAGAAAGAGGAGAGAGCCGACTTTGTGCATGTGGAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057789657.1
MEALNRRLQFQRFYFYKVCWNLNTLRDFVVMRSKGQPVYNFCVTVDDATMAISNAIRAEEYLPNTLRKLAIGIERIERGESRLCACGDGLKPLSKR

XP_057789658.1
MPYAHRMGLISDQYFKVCWNLNTLRDFVVMRSKGQPVYNFCVTVDDATMAISNAIRAEEYLPNTLRKLAIGIERIERGESRLCACGDGLKPLSKR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器