Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000461`

染色体: Chr01 坐标: 9456077-9462670 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000461`
名称	SmilChr01G000461
描述	calcium uniporter protein 5, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	9456077 - 9462670 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006528`
GeneID	`131006528`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006528`
原始查询	`LOC131006528`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	calcium uniporter protein 5, mitochondrial-like
产物	calcium uniporter protein 5%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT1G57610` (AT1G57610) calcium uniporter (DUF607) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842137] identity=51.4; qcov=1.04; evalue=2.16e-101; confidence=high
Rice	`Os11g0124500` - identity=63.3; qcov=0.745; evalue=5.76e-95; confidence=high
GO	GO:0005262 (calcium channel activity); GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0015292 (uniporter activity); GO:0036444 (calcium import into the mitochondrion); GO:0051560 (mitochondrial calcium ion homeostasis); GO:1990246 (uniplex complex)
KEGG	-
Pfam	PF04678 (MCU)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006528

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057789663.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057789663.1`
3	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	1.00000	`XP_057789663.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789663.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789663.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:9456234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:9456258`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A5
`Chr1:9456275`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C57
`Chr1:9456275`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C57
`Chr1:9456278`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr1:9456341`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,D1
`Chr1:9456423`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:9456480`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B105,C21,C73,C86
`Chr1:9456484`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,B29
`Chr1:9462092`	`CGG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	40	A3,B101,B102,B106,B108,B112,B113,B123,B140,B22,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B49,B51,B53,B56,B58,B59,B62,B7,B72,B74,B83,B95,B96,C23,C28,C29,C38,C59,C63,C65,C67,C77,C79,D7
`Chr1:9462095`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	40	A3,B101,B102,B106,B108,B112,B113,B123,B140,B22,B38,B39,B4,B41,B42,B43,B49,B51,B53,B56,B58,B59,B62,B7,B72,B74,B83,B95,B96,C23,C28,C29,C38,C59,C63,C65,C67,C77,C79,D7
`Chr1:9462110`	`CGT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789663.1

282 aa

141

282

MCU

PF04678 MCU 87-247 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789663.1`	Pfam	`PF04678`	MCU	Family	87	247	3.5e-53	181.1	Mitochondrial calcium uniporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933680.1
CCATCTGAAAACCCTCTCTCTCTCTTCCACACATTGTCTCTCATCTCATCATCTCCGCCATTATCGTTTTTCTCCGACATAATCTACCCACACACATCACTCATCCATCAACCTTCTTTTTTTTTCTGATTTTCACTAACATGTGGCGAACTCCGGCGATCGATCTTCTGCGACGGGTGGCGCGGCCCGCCACTGCTCTCCGTGGACCTGCGTACAGGTTGATCAGTGGTGGCGGTGGCGGAGATGCGAAAGCGATGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006528
ATGTGGCGAACTCCGGCGATCGATCTTCTGCGACGGGTGGCGCGGCCCGCCACTGCTCTCCGTGGACCTGCGTACAGGTTGATCAGTGGTGGCGGTGGCGGAGATGCGAAAGCGATGAGCCATGCGGAGGCGAAGCGGCTGATGCGGCTGGCGAATGTAGAGGCGCTCAAGGAGAAGCTGGGGAAAGAAGACAGGGAAGTTATACCCTACGACGAGCTCCTCAAAGTCTGCCGCACCATGGGCGTCGCCAGCACCACCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789663.1
MWRTPAIDLLRRVARPATALRGPAYRLISGGGGGDAKAMSHAEAKRLMRLANVEALKEKLGKEDREVIPYDELLKVCRTMGVASTTDDAAAFARVLDDAGVVLLFRDKVYLHPDKVVDLVRKAVPLAMVAEEEAEAWKAELQKLQEKKEEIDMAAHKQVRRILWTGLGLAVVQVGLFFRLTFWEFSWDVMEPIAFFTTSAGIVIGYAYFMFTSRDPSYQDLLMRLFLSRQRKLIKTHNFDIVRFVQLQKHCRTPQYTCAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器