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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000248

染色体: Chr01 坐标: 4670000-4670693 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000248
名称SmilChr01G000248
描述uncharacterized SmilChr01G000248
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向4670000 - 4670693 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006537
GeneID131006537
locus_tag-
NCBI NameLOC131006537
原始查询LOC131006537

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=42.2; qcov=0.386; evalue=1.74e-15; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006537

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789696.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057789696.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789696.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789696.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789696.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:4670061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:4670141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B54,B70,C26
Chr1:4670182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr1:4670193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B54,B92,C26,C87
Chr1:4670427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr1:4670458 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 32 A2,A20,A5,A7,B1,B102,B112,B115,B121,B32,B33,B46,B51,B52,B54,B65,B68,B81,B82,B87,B90,B92,B99,C22,C26,C51,C65,C75,C80,C87,D4,D9
Chr1:4670593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,B97,C56,C60,D1
Chr1:4670654 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B55,B6,B76
Chr1:4670662 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 153 A1,A10,A20,A22,A23,A24,A3,A4,A5,A6,A9,B10,B101,B102,B105,B106,B108,B109,B111,B114,B115,B117,B118,B119,B123,B126,B127,B128,B130,B132,B134,B135,B139,B14,B140,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B36,B37,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B51,B53,B54,B56,B57,B59,B6,B62,B63,B64,B67,B69,B70,B71,B72,B74,B76,B78,B8,B82,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B91,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C16,C19,C2,C21,C23,C25,C26,C27,C28,C30,C32,C33,C34,C35,C39,C4,C44,C45,C47,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C56,C57,C58,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C7,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C80,C81,C83,C84,C86,C87,C9,D3,D8
Chr1:4670664 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B52,B54,B82,C87
Chr1:4670670 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933713.1
ATGTATAACACTATACATATAGACGAGAAGTGGTTTTACCTAACAAAGACTAAGGATAGGTATTACCTTATGCCGGATGAGAATGAACCATATAGAACTTGCAAATCTAAGAGATTTATTCTGAAAATCATGTTTGTGTCTTCCATTGCACGCCCAATCATAGATGAACAGGGGAATGTTCTCTTTAATGGAAAATTGGGCATTTTTCCATTCACAAATGAAGAGGCAGCCAAAAGAAACTCAAAGAATAGATCCAAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006537
ATGTATAACACTATACATATAGACGAGAAGTGGTTTTACCTAACAAAGACTAAGGATAGGTATTACCTTATGCCGGATGAGAATGAACCATATAGAACTTGCAAATCTAAGAGATTTATTCTGAAAATCATGTTTGTGTCTTCCATTGCACGCCCAATCATAGATGAACAGGGGAATGTTCTCTTTAATGGAAAATTGGGCATTTTTCCATTCACAAATGAAGAGGCAGCCAAAAGAAACTCAAAGAATAGATCCAAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789696.1
MYNTIHIDEKWFYLTKTKDRYYLMPDENEPYRTCKSKRFILKIMFVSSIARPIIDEQGNVLFNGKLGIFPFTNEEAAKRNSKNRSKGTMEVKPIPNITKNIMMECMNAKDNAKPHIKPDDPEFLAVANLDGFNFQLVCQPANSPDTNVNDLGFFRAIQTLKDQKPAKDVNELLKNVNEAYLGPV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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