当前解析结果
SmilChr01G000248| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000248 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000248 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G000248 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 4670000 - 4670693 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131006537 |
|---|---|
| GeneID | 131006537 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006537 |
| 原始查询 | LOC131006537 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=42.2; qcov=0.386; evalue=1.74e-15; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006537 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057789696.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057789696.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789696.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789696.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789696.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:4670061 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr1:4670141 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B54,B70,C26 |
Chr1:4670182 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr1:4670193 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B54,B92,C26,C87 |
Chr1:4670427 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B60 |
Chr1:4670458 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 32 | A2,A20,A5,A7,B1,B102,B112,B115,B121,B32,B33,B46,B51,B52,B54,B65,B68,B81,B82,B87,B90,B92,B99,C22,C26,C51,C65,C75,C80,C87,D4,D9 |
Chr1:4670593 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A25,B97,C56,C60,D1 |
Chr1:4670654 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B55,B6,B76 |
Chr1:4670662 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 153 | A1,A10,A20,A22,A23,A24,A3,A4,A5,A6,A9,B10,B101,B102,B105,B106,B108,B109,B111,B114,B115,B117,B118,B119,B123,B126,B127,B128,B130,B132,B134,B135,B139,B14,B140,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B36,B37,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B51,B53,B54,B56,B57,B59,B6,B62,B63,B64,B67,B69,B70,B71,B72,B74,B76,B78,B8,B82,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B91,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C16,C19,C2,C21,C23,C25,C26,C27,C28,C30,C32,C33,C34,C35,C39,C4,C44,C45,C47,C5,C50,C51,C52,C54,C55,C56,C57,C58,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C7,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C80,C81,C83,C84,C86,C87,C9,D3,D8 |
Chr1:4670664 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B52,B54,B82,C87 |
Chr1:4670670 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,B76 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。