Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001776`

染色体: Chr01 坐标: 32659813-32660478 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001776`
名称	SmilChr01G001776
描述	uncharacterized SmilChr01G001776
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	32659813 - 32660478 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006538`
GeneID	`131006538`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006538`
原始查询	`LOC131006538`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006538

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789677.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057789677.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789677.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789677.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789677.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:32659821`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	A23,B117,B25,B40,B44,B6,B70,C85
`Chr1:32659829`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B132
`Chr1:32659836`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C57,C72,D10
`Chr1:32659857`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C20
`Chr1:32659933`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A3,B118,B24,B7,C45
`Chr1:32659941`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	19	A1,A22,A3,B107,B118,B126,B132,B19,B2,B24,B37,B44,B49,B75,C12,C34,C63,C72,D10
`Chr1:32660031`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:32660056`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	A11,B42,B43,B74,B8,B89,C26,C5
`Chr1:32660076`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B66,C71
`Chr1:32660076`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B66,C71
`Chr1:32660077`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B44,B6
`Chr1:32660091`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A3,B118

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933694.1
ATGGCCCGTCCAAGGTTCGACGACGAAGGAAATGAAATCTTTTCAGGAAAAGTAGGAGTGTTTCCTCTTGTCACCCAACAACCAGCTTTGAGGCGAAGTCGAAATAGAGAAGCCGGAACATTGGAGGTCAAACCAGTTACATCTGTAACAAGAGAAATCATAAGGGAATTTTTACTTGCAAAGGTTATTCCAAAAATTTGGGAAGTTTGGCCAACAGATGATTCAAGAAGTACTATCTTTATCCAGCAAGATAATGCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006538
ATGGCCCGTCCAAGGTTCGACGACGAAGGAAATGAAATCTTTTCAGGAAAAGTAGGAGTGTTTCCTCTTGTCACCCAACAACCAGCTTTGAGGCGAAGTCGAAATAGAGAAGCCGGAACATTGGAGGTCAAACCAGTTACATCTGTAACAAGAGAAATCATAAGGGAATTTTTACTTGCAAAGGTTATTCCAAAAATTTGGGAAGTTTGGCCAACAGATGATTCAAGAAGTACTATCTTTATCCAGCAAGATAATGCTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789677.1
MARPRFDDEGNEIFSGKVGVFPLVTQQPALRRSRNREAGTLEVKPVTSVTREIIREFLLAKVIPKIWEVWPTDDSRSTIFIQQDNARTHVDPNDVEFQEVASQNGFDIRLMCQPANSLDFNILDLGFFRAIQSMQEKKKTNNIAELIQAVEMSFAEYSSVHVNRVWITYQLCMVETMKVQGSNKYKIPRVNKARLEREGCLPKQITCDPVLVENVRSQLQS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器