Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000476`

染色体: Chr01 坐标: 9707855-9708570 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000476`
名称	SmilChr01G000476
描述	histone H4
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	9707855 - 9708570 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006541`
GeneID	`131006541`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006541`
原始查询	`LOC131006541`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	histone H4
产物	histone H4
Arabidopsis	`AT3G53730` (AT3G53730) Histone superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824540] identity=100; qcov=1; evalue=2.99e-68; confidence=high
Rice	`Os04g0583600` (OSJNBb0064P21.1) - identity=100; qcov=1; evalue=2.04e-68; confidence=high
GO	GO:0000786 (nucleosome); GO:0003677 (DNA binding); GO:0006334 (nucleosome assembly); GO:0030527 (structural constituent of chromatin); GO:0046982 (protein heterodimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF02969 (TAF); PF15511 (CENP-T_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006541

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789678.1`
2	Chromosome	染色体	1.00000	`XP_057789678.1`
3	Chromatin	染色质	0.20000	`XP_057789678.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057789678.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789678.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:9708095`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr1:9708098`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr1:9708105`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,C8
`Chr1:9708217`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr1:9708254`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:9708316`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,B62,B78
`Chr1:9708322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B133,B14,B82
`Chr1:9708325`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789678.1

103 aa

103

TAF

CENP-T_C

PF02969 TAF 34-92 aa PF15511 CENP-T_C 44-96 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789678.1`	Pfam	`PF02969`	TAF	Domain	34	92	0.00014	22.7	TATA box binding protein associated factor (TAF)
`XP_057789678.1`	Pfam	`PF15511`	CENP-T_C	Domain	44	96	2.5e-08	34.7	Centromere kinetochore component CENP-T histone fold

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933695.1
GACATCTAACGGTGAGTTCTCACTATGAAGGGCCCTTATCAACGGCCAAGAAACTTTTCACATCAAACGCGGATCCTCATCTGGAGTCGTCGATAATCATTCCAATCCAACGGCACAAATTTCCCAAAAAACCAAATATATACTCCTCCCTCTAAAACACATTTACATTTCAAAACAAATTACTAACTCCCGATTTCAGAAAGCAGAGCTCAGGCGAAAGATGTCGGGCAGAGGAAAAGGCGGGAAGGGGCTGGGCAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006541
ATGTCGGGCAGAGGAAAAGGCGGGAAGGGGCTGGGCAAGGGCGGCGCCAAGCGCCACCGCAAGGTGCTGAGGGACAACATCCAGGGCATCACCAAGCCGGCCATCCGCCGCCTGGCGAGGCGTGGTGGCGTTAAGCGTATCAGCGGCCTCATCTACGAGGAGACGCGCGGCGTGCTCAAGATCTTCCTCGAGAACGTCATCCGCGACGCCGTCACTTACACCGAGCACGCCCGCCGGAAAACCGTGACGGCGATGGACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789678.1
MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKIFLENVIRDAVTYTEHARRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器