Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000493

染色体: Chr01 坐标: 10046263-10047132 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000493
名称SmilChr01G000493
描述cytochrome b-c1 complex subunit 8-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向10046263 - 10047132 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006554
GeneID131006554
locus_tag-
NCBI NameLOC131006554
原始查询LOC131006554

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome b-c1 complex subunit 8-like
产物cytochrome b-c1 complex subunit 8-like
ArabidopsisAT5G05370 (AT5G05370)
Cytochrome b-c1 complex, subunit 8 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830419]
identity=68.1; qcov=1; evalue=7.22e-34; confidence=medium
RiceOs06g0175900
-
identity=70.8; qcov=1; evalue=9.38e-35; confidence=medium
GOGO:0005750 (GO:0005750); GO:0006122 (mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c); GO:0070469 (GO:0070469)
KEGG-
PfamPF10890 (Cyt_b-c1_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006554

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057789680.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057789680.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057789680.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789680.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789680.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:10046825 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789680.1
72 aa
N
1
36
72
Cyt_b-c1_8
C
PF10890 Cyt_b-c1_8 1-72 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789680.1 Pfam PF10890 Cyt_b-c1_8 Family 1 72 7.3e-35 119.9 Cytochrome b-c1 complex subunit 8

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933697.1
AAAATTAAAGGGGAAGAAAGATTCAAGGCCGAGGAGCACGGATCAATAGAAATTTTCCAATACAATTCCTATTGTTTAACCACTCTTTGCCTGCCTATGAAGTTCTTGACCCTAGTTGGCTCTGATAATTTGGAGAAAGAGAGAGAGAATGGGGAAAATAGCGGTGAAGATGAAATCGGTGACATACGCCCTGTCGCCGTTCCAGCAGAAGGTGATGCCCGGCCTCTGGAAGGATTTGCCCGACAAGATCTCCCATAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006554
ATGGGGAAAATAGCGGTGAAGATGAAATCGGTGACATACGCCCTGTCGCCGTTCCAGCAGAAGGTGATGCCCGGCCTCTGGAAGGATTTGCCCGACAAGATCTCCCATAAGATCTTCGAGAATTGGATCAGCGCTACCCTCCTGCTCGGTCCGCTCGTCGGCACCTATTCATATGTGCAATGGTACCTGGAAAAGGAGAAGATGGAGCACAGATACTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789680.1
MGKIAVKMKSVTYALSPFQQKVMPGLWKDLPDKISHKIFENWISATLLLGPLVGTYSYVQWYLEKEKMEHRY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器