Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001787`

染色体: Chr01 坐标: 32743124-32744428 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001787`
名称	SmilChr01G001787
描述	uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	32743124 - 32744428 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006560`
GeneID	`131006560`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006560`
原始查询	`LOC131006560`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=high
产物	orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G23160` (CRK8) cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415] identity=42.3; qcov=0.795; evalue=8.05e-84; confidence=medium
Rice	`gene-orf490` (orf490) - identity=50.1; qcov=0.846; evalue=7.69e-119; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF07727 (RVT_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006560

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789688.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057789688.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789688.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789688.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789688.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:32743152`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C85,D4
`Chr1:32743161`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B33,B54
`Chr1:32743174`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B113,C19
`Chr1:32743174`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B113,C19
`Chr1:32743207`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A2,A4,A8,B130,B33,B60,B99,C33,C35,C46,C77
`Chr1:32743209`	`GTA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B43,C57
`Chr1:32743209`	`GTA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B43,C57
`Chr1:32743217`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	64	A15,A5,A7,B101,B103,B109,B112,B123,B13,B136,B140,B19,B20,B25,B28,B31,B33,B42,B43,B45,B50,B51,B52,B53,B54,B58,B59,B6,B60,B66,B68,B69,B71,B75,B77,B78,B8,B80,B84,B91,C14,C17,C18,C22,C3,C37,C47,C50,C51,C52,C60,C64,C66,C67,C7,C72,C73,C74,C76,C77,C80,C87,D5,D6
`Chr1:32743219`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	24	B109,B13,B25,B28,B45,B53,B66,B68,B69,B75,B77,B8,C14,C17,C50,C52,C64,C66,C7,C72,C74,C76,C77,C87
`Chr1:32743227`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B46,C20
`Chr1:32743261`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B66,B69,C64,C66
`Chr1:32743356`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B69,B73,C16,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789688.1

434 aa

217

434

RVT_2

PF07727 RVT_2 1-148 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789688.1`	Pfam	`PF07727`	RVT_2	Domain	1	148	2.6e-36	126.2	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933705.1
ATGAAGCCACCTCCTGGCTTTGAGCCACCTAGTTCTGGTCCTGCACCTATGGTCTGCAAACTCAAGAAGGCTATATATGGTCTTAAACAGGCTTCTCGTTCCTGGTTCCTCACCATCAAGTCCGTTCTTCTAAAGCTTGGGTTTTCTCAATCCAAGGCAGATAATTCCTTATTTTTTCGAATCAGCGGTGGCTCTACCATATATCTTCTCATTTATGTTGATGACATATTAATTACTGGTTCATTGCCTTCAGACATTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006560
ATGAAGCCACCTCCTGGCTTTGAGCCACCTAGTTCTGGTCCTGCACCTATGGTCTGCAAACTCAAGAAGGCTATATATGGTCTTAAACAGGCTTCTCGTTCCTGGTTCCTCACCATCAAGTCCGTTCTTCTAAAGCTTGGGTTTTCTCAATCCAAGGCAGATAATTCCTTATTTTTTCGAATCAGCGGTGGCTCTACCATATATCTTCTCATTTATGTTGATGACATATTAATTACTGGTTCATTGCCTTCAGACATTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789688.1
MKPPPGFEPPSSGPAPMVCKLKKAIYGLKQASRSWFLTIKSVLLKLGFSQSKADNSLFFRISGGSTIYLLIYVDDILITGSLPSDIQQVIHQLNTHFSLKDLGDVHHFLGIEITKTAHGLHLSQGGYIKDLLHKLKMQDAKGCPTPMVSSCLLSKGDGVSNVDGKLYRSTVGALQYATITRPEIAFSVNKVSQYMSAPLDSHWKAVKRILRYIAGSKDHGLHMQKSSCTVTGFCDSDWAGDFDDRRSTTGYCVYMGKSLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器