Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001790`

染色体: Chr01 坐标: 32754846-32757805 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001790`
名称	SmilChr01G001790
描述	protein disulfide isomerase-like 5-2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	32754846 - 32757805 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006572`
GeneID	`131006572`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006572`
原始查询	`LOC131006572`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein disulfide isomerase-like 5-2
产物	protein disulfide isomerase-like 5-2
Arabidopsis	`AT1G35620` (PDIL5-2) PDI-like 5-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840461] identity=55.1; qcov=0.928; evalue=7.83e-165; confidence=high
Rice	`Os04g0432500` (PDIL5) - identity=56.2; qcov=0.85; evalue=2.69e-164; confidence=high
GO	GO:0003756 (protein disulfide isomerase activity); GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0006457 (protein folding); GO:0034976 (response to endoplasmic reticulum stress)
KEGG	smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00085 (Thioredoxin); PF13848 (Thioredoxin_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006572

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057789697.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057789697.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057789697.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789697.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789697.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:32754865`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B25,B28,B93,C9
`Chr1:32754865`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	CDS_variant	4	B25,B28,B93,C9
`Chr1:32754866`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B25,B28,B93,C9
`Chr1:32754866`	`C`	`CG`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B25,B28,B93,C9
`Chr1:32754900`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B22,B41,B62
`Chr1:32754926`	`T`	`TTC`	2bp_insertion	frameshift_variant	14	A1,A18,B19,B21,B34,B64,B84,B90,B92,B94,C2,C22,C55,D1
`Chr1:32754928`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B25,B28,B93,C9
`Chr1:32754946`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:32755085`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr1:32755796`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	17	A21,B134,B2,B27,B33,B38,B57,B76,C18,C2,C31,C35,C4,C41,C61,D1,D10
`Chr1:32755798`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	67	A10,A11,A13,A22,A25,A7,A8,A9,B104,B109,B111,B112,B115,B117,B122,B123,B124,B127,B128,B137,B138,B18,B20,B26,B31,B35,B49,B5,B54,B55,B59,B6,B61,B76,B79,B85,B86,B88,B9,B93,B99,C11,C14,C26,C28,C34,C36,C47,C5,C50,C53,C54,C60,C67,C69,C70,C76,C78,C81,C82,C83,C84,C86,D2,D5,D7,D8
`Chr1:32755803`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	20	A21,B103,B134,B2,B27,B33,B38,B57,B76,B99,C2,C26,C31,C35,C4,C41,C61,C75,D1,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789697.1

446 aa

223

446

Thioredoxin

Thioredoxin_6

PF00085 Thioredoxin 46-147 aa PF13848 Thioredoxin_6 191-344 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789697.1`	Pfam	`PF00085`	Thioredoxin	Domain	46	147	3.6e-28	98.3	Thioredoxin
`XP_057789697.1`	Pfam	`PF13848`	Thioredoxin_6	Domain	191	344	6.1e-10	40.0	Thioredoxin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933714.1
ATGCCTTCTTCTTCTTCTTCCCCAACGATCCACTCCCCATTCTCAATTTTCTCACTCCAATCACTGCTTCTATTCTCCTTTTCTCTCTCTCTATCCATCAGCGTGCATGGAAACCAGTTCAAATTGGATGGCAGTGTGTTGGAGCTCGACGATTCCAATTTCGACGCCGCAATTTCCAAATTTGATTACGTTTTCGTCGATTTCTACGCTCCATGGTGTGGCCACTGCAATCGCCTCGCGCCGGAGTTGGAGAGAGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006572
ATGCCTTCTTCTTCTTCTTCCCCAACGATCCACTCCCCATTCTCAATTTTCTCACTCCAATCACTGCTTCTATTCTCCTTTTCTCTCTCTCTATCCATCAGCGTGCATGGAAACCAGTTCAAATTGGATGGCAGTGTGTTGGAGCTCGACGATTCCAATTTCGACGCCGCAATTTCCAAATTTGATTACGTTTTCGTCGATTTCTACGCTCCATGGTGTGGCCACTGCAATCGCCTCGCGCCGGAGTTGGAGAGAGCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789697.1
MPSSSSSPTIHSPFSIFSLQSLLLFSFSLSLSISVHGNQFKLDGSVLELDDSNFDAAISKFDYVFVDFYAPWCGHCNRLAPELERAAPVLAGLRQPIVVAKVDADKHKKLASKHDVDGYPTLKMFMHGVPTEYYGPRKADLLVQSLAKFVAPDVSVLSSDSDVRDFAKAAGSDFPIFIGFGLNESVILDSAVKYKKKAWFSVANGFSDEIMTTYGLNKVPALLAIYPAYDEQSIFYGPFEENSLEDYIKKSLLPLVFPIS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器