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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000517

染色体: Chr01 坐标: 10617694-10624408 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000517
名称SmilChr01G000517
描述eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向10617694 - 10624408 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006573
GeneID131006573
locus_tag-
NCBI NameLOC131006573
原始查询LOC131006573

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta-like
产物eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta-like
ArabidopsisAT5G20920 (EIF2 BETA)
eukaryotic translation initiation factor 2 beta subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832216]
identity=75.5; qcov=0.876; evalue=2.07e-118; confidence=high
RiceOs03g0333300
-
identity=76.5; qcov=0.913; evalue=1.14e-122; confidence=high
GOGO:0001731 (formation of translation preinitiation complex); GO:0001732 (formation of cytoplasmic translation initiation complex); GO:0003729 (mRNA binding); GO:0003743 (translation initiation factor activity); GO:0005850 (eukaryotic translation initiation factor 2 complex); GO:0006413 (translational initiation); GO:0031369 (translation initiation factor binding)
KEGG-
PfamPF01873 (eIF-5_eIF-2B)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006573

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789692.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057789692.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057789695.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789692.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789692.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:10622770 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B44,B58,C51,C74
Chr1:10622836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B53,B63,C61
Chr1:10624173 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B68,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789692.1
275 aa
N
1
138
275
eIF-5_eIF-2B
C
PF01873 eIF-5_eIF-2B 142-249 aa
XP_057789693.1
275 aa
N
1
138
275
eIF-5_eIF-2B
C
PF01873 eIF-5_eIF-2B 142-249 aa
XP_057789694.1
275 aa
N
1
138
275
eIF-5_eIF-2B
C
PF01873 eIF-5_eIF-2B 142-249 aa
XP_057789695.1
273 aa
N
1
136
273
eIF-5_eIF-2B
C
PF01873 eIF-5_eIF-2B 142-251 aa
XP_057789698.1
273 aa
N
1
136
273
eIF-5_eIF-2B
C
PF01873 eIF-5_eIF-2B 142-251 aa
XP_057789699.1
273 aa
N
1
136
273
eIF-5_eIF-2B
C
PF01873 eIF-5_eIF-2B 142-251 aa
XP_057789700.1
273 aa
N
1
136
273
eIF-5_eIF-2B
C
PF01873 eIF-5_eIF-2B 142-251 aa
XP_057789701.1
275 aa
N
1
138
275
eIF-5_eIF-2B
C
PF01873 eIF-5_eIF-2B 142-249 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789692.1 Pfam PF01873 eIF-5_eIF-2B Family 142 249 2.9e-38 131.1 Domain found in IF2B/IF5
XP_057789693.1 Pfam PF01873 eIF-5_eIF-2B Family 142 249 2.9e-38 131.1 Domain found in IF2B/IF5
XP_057789694.1 Pfam PF01873 eIF-5_eIF-2B Family 142 249 2.9e-38 131.1 Domain found in IF2B/IF5
XP_057789695.1 Pfam PF01873 eIF-5_eIF-2B Family 142 251 1.1e-40 138.9 Domain found in IF2B/IF5
XP_057789698.1 Pfam PF01873 eIF-5_eIF-2B Family 142 251 1.1e-40 138.9 Domain found in IF2B/IF5
XP_057789699.1 Pfam PF01873 eIF-5_eIF-2B Family 142 251 1.1e-40 138.9 Domain found in IF2B/IF5
XP_057789700.1 Pfam PF01873 eIF-5_eIF-2B Family 142 251 1.1e-40 138.9 Domain found in IF2B/IF5
XP_057789701.1 Pfam PF01873 eIF-5_eIF-2B Family 142 249 2.9e-38 131.1 Domain found in IF2B/IF5

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933718.1
GCTGGCCCAAATTGTTTTTTGTCGGAAGCCCAGCCCAAATATTTTTTCTTCCATAAAACTCTTCTCCCGAAAACTAGGGCTTGCATGCAACCAAGATCTAATCATGGCGGAGGACGAAAATCAGATTGAGGTGAAAGAGGAGGTTAAGGATGAAGGAGGGGATATTGCTCCATTTGACCCTTCAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGCCAGTGGCTCAAGAACTAGCTGAAGATGATTCTGTTGATACCATAGCTGAGAAAA...
XM_057933715.1
AAATTGTTTTTTGTCGGAAGCCCAGCCCAAATATTTTTTCTTCCATAAAACTCTTCTCCCGAAAACTAGGGCTTGCATGCAACCAAGATCTAATCATGGCGGAGGACGAAAATCAGATTGAGGTGAAAGAGGAGGTTAAGGATGAAGGAGGGGATATTGCTCCATTTGACCCTTCAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGCCAGTGGCTCAAGAACTAGCTGAAGATGATTCTGTTGATACCATAGCTGAGAAAACTGAGAGC...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131006573
ATGGCGGAGGACGAAAATCAGATTGAGGTGAAAGAGGAGGTTAAGGATGAAGGAGGGGATATTGCTCCATTTGACCCTTCAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGCCAGTGGCTCAAGAACTAGCTGAAGATGATTCTGTTGATACCATAGCTGAGAAAACTGAGAGCTTGTCTGTTTCTGATGGTCTTGAAACTTCATTTGCTGGTCTAAAAAAGAAGAAGAAAAAAGCGGCACATACTGATCTGAATGAAGAAAAAGAAAC...
LOC131006573
ATGGCGGAGGACGAAAATCAGATTGAGGTGAAAGAGGAGGTTAAGGATGAAGGAGGGGATATTGCTCCATTTGACCCTTCAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGCCAGTGGCTCAAGAACTAGCTGAAGATGATTCTGTTGATACCATAGCTGAGAAAACTGAGAGCTTGTCTGTTTCTGATGGTCTTGAAACTTCATTTGCTGGTCTAAAAAAGAAGAAGAAAAAAGCGGCACATACTGATCTGAATGAAGAAAAAGAAAC...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057789692.1
MAEDENQIEVKEEVKDEGGDIAPFDPSKKKKKKKPVAQELAEDDSVDTIAEKTESLSVSDGLETSFAGLKKKKKKAAHTDLNEEKETVGEDVDDTIGEDEEGEGIVLQQNTWEGSDRDYEYEELLGRVFNILRENNPELAGDRRRTVMRPPQVLREGTKKTVFVNFMDLCKTMHRQPEHVMTFLLAEMGTSGSLDGQQRLVVKGRFAPKNFEGILRRYINEYVICNGCKSPDTILSKENRLFFLRCEKLGCVSITFSIDF...
XP_057789693.1
MAEDENQIEVKEEVKDEGGDIAPFDPSKKKKKKKPVAQELAEDDSVDTIAEKTESLSVSDGLETSFAGLKKKKKKAAHTDLNEEKETVGEDVDDTIGEDEEGEGIVLQQNTWEGSDRDYEYEELLGRVFNILRENNPELAGDRRRTVMRPPQVLREGTKKTVFVNFMDLCKTMHRQPEHVMTFLLAEMGTSGSLDGQQRLVVKGRFAPKNFEGILRRYINEYVICNGCKSPDTILSKENRLFFLRCEKLGCVSITFSIDF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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