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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000584

染色体: Chr01 坐标: 12599471-12601386 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000584
名称SmilChr01G000584
描述exocyst complex component EXO70B1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向12599471 - 12601386 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006619
GeneID131006619
locus_tag-
NCBI NameLOC131006619
原始查询LOC131006619

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述exocyst complex component EXO70B1-like
产物exocyst complex component EXO70B1-like
ArabidopsisAT5G58430 (EXO70B1)
exocyst subunit exo70 family protein B1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835956]
identity=59.6; qcov=1.06; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0827500 (OsEXO70B1)
-
identity=42.9; qcov=1.1; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0000145 (exocyst); GO:0005546 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding); GO:0006887 (exocytosis)
KEGG-
PfamPF03081 (Exo70_C); PF20669 (Exo70_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006619

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057789779.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057789779.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057789779.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789779.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789779.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:12599629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,C20,D1
Chr1:12600133 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 64 A11,A2,B100,B102,B104,B108,B11,B111,B113,B125,B130,B138,B139,B14,B2,B25,B27,B3,B32,B34,B37,B4,B41,B45,B46,B53,B54,B55,B58,B65,B66,B68,B72,B82,B93,B95,B97,C12,C15,C17,C19,C2,C23,C25,C26,C28,C3,C31,C34,C35,C38,C47,C5,C60,C66,C70,C74,C75,C79,C80,C82,C85,D10,D8
Chr1:12600169 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,B82,C12,C60
Chr1:12600243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B18,C31,C33,C57,C64
Chr1:12600348 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 40 A1,A10,A25,A5,A7,A8,B102,B103,B110,B12,B134,B139,B14,B18,B19,B25,B29,B3,B37,B39,B50,B55,B60,B69,B7,B71,B76,B79,B86,B92,C20,C28,C37,C40,C47,C57,C60,C62,C75,C78
Chr1:12600377 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,C22,C77
Chr1:12600435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr1:12600437 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr1:12600471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B3,B37,B44,C75
Chr1:12600485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr1:12600553 G GT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 3 B29,B86,C38
Chr1:12600553 G GT 1bp_insertion CDS_variant 3 B29,B86,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789779.1
599 aa
N
1
300
599
Exo70_N
Exo70_C
C
PF20669 Exo70_N 54-127 aa PF03081 Exo70_C 239-586 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789779.1 Pfam PF20669 Exo70_N Repeat 54 127 6.4e-10 39.9 Exocyst complex component Exo70 N-terminal
XP_057789779.1 Pfam PF03081 Exo70_C Repeat 239 586 5.5e-118 395.0 Exo70 exocyst complex subunit C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933796.1
ATGGCGGACAACGGCGAGGAGAAGCTCATAGCGGTAGCTCGCCACATCGCTAAAACCCTTGGCCACACCGACTCTATGACCGACGATATTCTCAAGATTTTCAGCAACTTCGACGGCAGACTGCGCGAGAAGCTCTCCGACGACGGCATCGACCAGACGCTCAAGTCCCTCGACCGCCGCCTCTCCCGCTACATCTCCCTCGACGCGCCGATTTGGTCCAATTCGGTTGATGTCGCCTCCTTCCTCCACGCCGTTGACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006619
ATGGCGGACAACGGCGAGGAGAAGCTCATAGCGGTAGCTCGCCACATCGCTAAAACCCTTGGCCACACCGACTCTATGACCGACGATATTCTCAAGATTTTCAGCAACTTCGACGGCAGACTGCGCGAGAAGCTCTCCGACGACGGCATCGACCAGACGCTCAAGTCCCTCGACCGCCGCCTCTCCCGCTACATCTCCCTCGACGCGCCGATTTGGTCCAATTCGGTTGATGTCGCCTCCTTCCTCCACGCCGTTGACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789779.1
MADNGEEKLIAVARHIAKTLGHTDSMTDDILKIFSNFDGRLREKLSDDGIDQTLKSLDRRLSRYISLDAPIWSNSVDVASFLHAVDQLIAAVRDWAPLAGNKRVARAEDLLQQTMLRMEDEFRALLESGGGSTDSTRQHPDYSDEDDDGSVEDESIPVAQPVADYDFLIEALPPGTVGDLHEIAKRMAAAGYEKECCAAYGACRREFLEQSLSRLGLPKLSIDEVQRMPWTQLEDEIERWIKAINVTLRVLLPSERRLCD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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