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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000622

染色体: Chr01 坐标: 13932901-13935849 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000622
名称SmilChr01G000622
描述cation/H(+) antiporter 14-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向13932901 - 13935849 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006653
GeneID131006653
locus_tag-
NCBI NameLOC131006653
原始查询LOC131006653

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cation/H(+) antiporter 14-like
产物cation/H(+) antiporter 14-like
ArabidopsisAT1G06970 (CHX14)
cation/hydrogen exchanger 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837207]
identity=38.3; qcov=1.01; evalue=5.72e-180; confidence=medium
RiceOs05g0485000 (OsCHX16)
-
identity=30.7; qcov=0.979; evalue=2.19e-133; confidence=low
GOGO:0006885 (regulation of pH); GO:0012505 (endomembrane system); GO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:1902600 (proton transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00999 (Na_H_Exchanger); PF23256 (CHX17_2nd); PF23259 (CHX17_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006653

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789802.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057789802.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789802.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789802.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789802.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:13933634 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C84
Chr1:13934308 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B44,B58,C51,C74
Chr1:13934374 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr1:13934757 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B29
Chr1:13934841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B9,C44
Chr1:13934867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C68
Chr1:13934871 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B118
Chr1:13934871 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B118
Chr1:13934874 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B118
Chr1:13934874 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B118
Chr1:13934889 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:13935071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789802.1
799 aa
N
1
400
799
Na_H_Exchanger
CHX17_2nd
CHX17_C
C
PF00999 Na_H_Exchanger 59-432 aa PF23256 CHX17_2nd 495-609 aa PF23259 CHX17_C 620-759 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789802.1 Pfam PF00999 Na_H_Exchanger Domain 59 432 5.8e-41 141.3 Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane
XP_057789802.1 Pfam PF23256 CHX17_2nd Domain 495 609 8.1e-37 126.9 Plant cation/H(+) antiporter domain
XP_057789802.1 Pfam PF23259 CHX17_C Domain 620 759 6.1e-34 117.9 Plant cation/H(+) antiporter, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933819.1
TATCCATCCTTGTTGCATACTATAAAACTTTGTGAACATCAATCAAGTGACCTGTTTTGACAAAATAGTATGCCAACAAACTTATCCCTTTTCCTGACATGCATCTCTCTTTCTTCTAAGTTGCTTGCTAGCATATTTCTCCATAAAGAGGAAGAAATTTCAAAGTGGATGTGAAATATATAAAAAAAAAAAATGTCATTGAAACAATCTTCAGCTTCGATAGGGAATGTAGTTGGGCCATATGGGGAAGAAACACTGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006653
ATGTCATTGAAACAATCTTCAGCTTCGATAGGGAATGTAGTTGGGCCATATGGGGAAGAAACACTGGTATGTCAATTTATTCACATGACAAATTCACAGGGAAGCACATGGTTCGGCGGAGATCCCTTCTCCTACACGGTCCCCCTTCTCTTAGCGCAGTTTTCTCTCATCTTCCTCGTCACAAGCCTCGTCTGGTTGCTCCTCAGACCTTGCAAGCAAGGCTTGATCAGCGCACAGCTTATCGGAGGCGTGATCATGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789802.1
MSLKQSSASIGNVVGPYGEETLVCQFIHMTNSQGSTWFGGDPFSYTVPLLLAQFSLIFLVTSLVWLLLRPCKQGLISAQLIGGVIMGKSCLGRIKAYSEQVFPPGGRQILETCADLGFILYLFILGAHIDLNLVRKVERYAVVIGVSCFVVPLGIGLGVILIVTRAMELDSPTQQSLPFIASLTAISSFPVITSLLTDLNILNSEIGRIATLASLVSDICNYALSLVFGGVVVYLMSKQFAVIMSVICAIIFLLIIVFIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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