Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000635`

染色体: Chr01 坐标: 14277229-14280357 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000635`
名称	SmilChr01G000635
描述	EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 6
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	14277229 - 14280357 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006663`
GeneID	`131006663`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006663`
原始查询	`LOC131006663`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 6
产物	EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 6
Arabidopsis	`AT2G30370` (CHAL) allergen-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817587] identity=54.2; qcov=0.754; evalue=2.34e-28; confidence=medium
Rice	`Os05g0476400` - identity=61.2; qcov=0.599; evalue=6.87e-28; confidence=medium
GO	GO:0010052 (guard cell differentiation); GO:0010374 (stomatal complex development)
KEGG	-
Pfam	PF17181 (EPF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006663

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057789807.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789807.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789807.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789807.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789807.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:14278149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr1:14280004`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr1:14280020`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C20
`Chr1:14280044`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,B29
`Chr1:14280077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C66
`Chr1:14280113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,B29

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789807.1

142 aa

142

EPF

PF17181 EPF 92-142 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789807.1`	Pfam	`PF17181`	EPF	Family	92	142	3.1e-20	72.6	Epidermal patterning factor proteins

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933824.1
GCTAGAGATTTACTCAAAAGGCATGTCGTCATGGAACGATATTCATTTCAAAAAACAAATTTGGAGAGAGAGAGAGAGGCCGCTCTAAGTGCTGTGGAACAGTATTAACTTCACTTATAACAGAGTATAAATACATACGTGTAATACTAAATCACTAGTTAGTTAGATATACATATAGAGAGAGAGTGTATGTGTGTTTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGGGTGTGTATGTGTGTTGTGCAGAGGAAGGGGCAGGGAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006663
ATGATTAGATCCTGGCAGCCTCTGAAACTTGTGCTTTCCACTACTATGAGAAAAAATCTCCCTCACTACGCTCTATTCTCCTTCTTTTGCTGCTGTTTATGCTTCTATGGAATCTACTCTGCAAATATCCCTACCTCTAATTCCCCGCCCTCAGAAATCAAGTTTCTATTGAATCTTCAAGCTGATGATAACTACTTCTTCAAGAAAATAGAGAAAAACTATATTTTGGAGATAGGCGGAGTGAGAGCGGCGAGAAGGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789807.1
MIRSWQPLKLVLSTTMRKNLPHYALFSFFCCCLCFYGIYSANIPTSNSPPSEIKFLLNLQADDNYFFKKIEKNYILEIGGVRAARRVLLGGPGSSPPRCAWKCGGCMPCKPVHVPVPPGARVTTEYYPEAWRCKCGNKLYMP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器