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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000688

染色体: Chr01 坐标: 15393134-15396782 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000688
名称SmilChr01G000688
描述uncharacterized SmilChr01G000688
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向15393134 - 15396782 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006673
GeneID131006673
locus_tag-
NCBI NameLOC131006673
原始查询LOC131006673

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830286]; symbol=AT5G04070; hit=AT5G04070; species=arabidopsis; confidence=high
产物NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830286]; symbol=AT5G04070; hit=AT5G04070; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G04070 (AT5G04070)
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830286]
identity=57.7; qcov=0.764; evalue=2.26e-84; confidence=high
RiceOs09g0346600
-
identity=47.9; qcov=0.804; evalue=4.89e-68; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00106 (adh_short); PF13561 (adh_short_C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006673

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057789817.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057789818.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057789823.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057789819.1
5 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057789820.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:15394671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr1:15394795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B138,C3,D8
Chr1:15394836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:15395712 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B102
Chr1:15395712 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B102
Chr1:15395997 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C64,C66,C83
Chr1:15396123 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:15396558 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 43 A14,A16,A19,A23,A9,B119,B125,B130,B131,B135,B20,B3,B33,B36,B38,B39,B40,B51,B53,B57,B59,B74,B75,B87,C16,C20,C24,C28,C32,C33,C35,C46,C47,C52,C54,C56,C65,C68,C71,C74,C76,C86,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789817.1
380 aa
N
1
190
380
adh_short
adh_short_C2
C
PF00106 adh_short 66-212 aa PF13561 adh_short_C2 71-215 aa
XP_057789818.1
362 aa
N
1
181
362
adh_short
adh_short_C2
C
PF00106 adh_short 66-212 aa PF13561 adh_short_C2 71-215 aa
XP_057789819.1
378 aa
N
1
189
378
adh_short
adh_short_C2
C
PF00106 adh_short 66-210 aa PF13561 adh_short_C2 71-213 aa
XP_057789820.1
348 aa
N
1
174
348
adh_short
adh_short_C2
C
PF00106 adh_short 66-222 aa PF13561 adh_short_C2 71-215 aa
XP_057789822.1
346 aa
N
1
173
346
adh_short
adh_short_C2
C
PF00106 adh_short 66-220 aa PF13561 adh_short_C2 71-213 aa
XP_057789823.1
322 aa
N
1
161
322
adh_short
adh_short_C2
C
PF00106 adh_short 66-212 aa PF13561 adh_short_C2 71-215 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789817.1 Pfam PF00106 adh_short Domain 66 212 1.7e-18 67.5 short chain dehydrogenase
XP_057789817.1 Pfam PF13561 adh_short_C2 Domain 71 215 8.5e-08 32.8 Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase
XP_057789818.1 Pfam PF00106 adh_short Domain 66 212 1.9e-17 64.1 short chain dehydrogenase
XP_057789818.1 Pfam PF13561 adh_short_C2 Domain 71 215 1e-07 32.5 Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase
XP_057789819.1 Pfam PF00106 adh_short Domain 66 210 4.9e-20 72.5 short chain dehydrogenase
XP_057789819.1 Pfam PF13561 adh_short_C2 Domain 71 213 5.9e-09 36.6 Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase
XP_057789820.1 Pfam PF00106 adh_short Domain 66 222 2.5e-18 67.0 short chain dehydrogenase
XP_057789820.1 Pfam PF13561 adh_short_C2 Domain 71 215 6.5e-08 33.2 Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase
XP_057789822.1 Pfam PF00106 adh_short Domain 66 220 7.2e-20 72.0 short chain dehydrogenase
XP_057789822.1 Pfam PF13561 adh_short_C2 Domain 71 213 4.5e-09 37.0 Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase
XP_057789823.1 Pfam PF00106 adh_short Domain 66 212 1.6e-17 64.4 short chain dehydrogenase
XP_057789823.1 Pfam PF13561 adh_short_C2 Domain 71 215 8.4e-08 32.8 Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933836.1
AACAACAAAGTATGTCAAGAAAAGGAACATAAAATCAAACAAATAAACCCTTAATTAGGGGTGGAAAGATAGGGTTGGAGTATAGGGTACCTTATTACCCAACCCGAAAAAATCGGGTATCCTATATCCGATAAATTTGGGTTCGGATTCGGGATCGGGTAATTAGGGTGTTAAAAAATCGGTATAATATTTAATAAATTTAATTAATTCTTTTCATTTTCAAATTGAATCAAACCCTACCCCACGCCACTCTCAACTCC...
XM_057933835.1
TATCCTATATCCGATAAATTTGGGTTCGGATTCGGGATCGGGTAATTAGGGTGTTAAAAAATCGGTATAATATTTAATAAATTTAATTAATTCTTTTCATTTTCAAATTGAATCAAACCCTACCCCACGCCACTCTCAACTCCGTCTGTGCTCTGTCCAGCCCCGCCTCCCAACTCCCTCTCTTCCTTAACTTCCTTTCCGCCTCCCAAACTCCCGCCCGCCTCCCAACTCCCAGCGGCGCCGGCCTCTCGCGACCCTCG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131006673
ATGGAAGTAGTGAAAAGTGTGGTGAGTTTTATGTGCAATTCTGAGTTCTGGAGAATGGCAGTGCTCTGGTCATTTTCTCTTATCTTTTCATATTTGAAGCTGTTCTATGAAAGCTTATTCTCGCAAGAGTCGAAATTTCAACCTCGTTGTTCGCTCAAAGACTCTATTTTCTCCACTGCATTGGTGGCTAGGCCTGTCTGCATTGTAACTGGGGCCACTTCGGGCTTGGGTGCTGCTGCTGCTCATGCTCTCTCAAATGA...
LOC131006673
ATGGAAGTAGTGAAAAGTGTGGTGAGTTTTATGTGCAATTCTGAGTTCTGGAGAATGGCAGTGCTCTGGTCATTTTCTCTTATCTTTTCATATTTGAAGCTGTTCTATGAAAGCTTATTCTCGCAAGAGTCGAAATTTCAACCTCGTTGTTCGCTCAAAGACTCTATTTTCTCCACTGCATTGGTGGCTAGGCCTGTCTGCATTGTAACTGGGGCCACTTCGGGCTTGGGTGCTGCTGCTGCTCATGCTCTCTCAAATGA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057789817.1
MEVVKSVVSFMCNSEFWRMAVLWSFSLIFSYLKLFYESLFSQESKFQPRCSLKDSIFSTALVARPVCIVTGATSGLGAAAAHALSNEGFYVVLVGRSSELLSKAISEIKSRNHDACLKAFEVNLSSFVSILEFKHSLQQWLQDSNMHSSVQLLINNAGILATSRRFTCEGYDDCRMLATNYIGAFCLTKVLLPLLESSPVPCRVVNVTSFTHRNVSFRQADRETISGKFFMKSKDYPYARIYEYTKLCILLFSYELHRKV...
XP_057789818.1
MEVVKSVVSFMCNSEFWRMAVLWSFSLIFSYLKLFYESLFSQESKFQPRCSLKDSIFSTALVARPVCIVTGATSGLGAAAAHALSNEGFYVVLVGRSSELLSKAISEIKSRNHDACLKAFEVNLSSFVSILEFKHSLQQWLQDSNMHSSVQLLINNAGILATSRRFTCEGYDDCRMLATNYIGAFCLTKVLLPLLESSPVPCRVVNVTSFTHRNVSFRQADRETISGKFFMKSKDYPYARIYEYTKCEHAISYMHTALLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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