Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000659

染色体: Chr01 坐标: 14696403-14698547 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000659
名称SmilChr01G000659
描述uncharacterized SmilChr01G000659
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向14696403 - 14698547 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006681
GeneID131006681
locus_tag-
NCBI NameLOC131006681
原始查询LOC131006681

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述erythroid differentiation factor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840468]; symbol=AT1G35660; hit=AT1G35660; species=arabidopsis; confidence=medium
产物erythroid differentiation factor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840468]; symbol=AT1G35660; hit=AT1G35660; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G35660 (AT1G35660)
erythroid differentiation factor-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840468]
identity=68.9; qcov=1; evalue=6.06e-42; confidence=medium
RiceOs01g0873800
-
identity=62.1; qcov=1; evalue=1.83e-35; confidence=medium
GOGO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF23788 (EDRF1_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006681

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057789831.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057789831.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057789831.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789831.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789831.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:14696965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B57
Chr1:14696971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,C18,C63
Chr1:14696972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr1:14696978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:14697597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789831.1
103 aa
N
1
52
103
EDRF1_N
C
PF23788 EDRF1_N 60-101 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789831.1 Pfam PF23788 EDRF1_N Domain 60 101 3.9e-11 43.2 EDRF1 N-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933848.1
TACGTATGTGAATCTTGTTGTTGAATAATGGTAGTATAACATCTGTTTTAGCGTTTTTTTTTTTGTTGGATTCATAATTTGAGGTGATAGGAGGTCGTTGCTTTGGATGATGAATTTCGGAGTCGAATTGTGGGAACAGTTTTTGGACTAGAAGATAGGGTGATCGTGTTTGTGTTGATGCGGTTTTTAGTATATTTTAGTATGTTTATGTTTGGGGTTCTGTTTTGCAGGGAATCCATGTGTATTTTGTAACTGTACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006681
ATGATTCCAACAGAAACTGATCTGAATGCACTCCCTTTACTATCAAGTATTCCTGAAAGAGTGCTACCAGTTGCAGCCACACAGGCAAGAACAAATGGAGATTTATCCTGGCAAGGTGCGCCTATTACGTCTAGTCTTGCAAGGAAAGGGGAAGCACTTGCTGTAACTGGCTTAACTGAATATGGAGATGAGATAGATGTGGTAGCCCCAGCTGATATTCTAAAACAACTTTTTAAGATACCATACTCCAAGGCTCGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789831.1
MIPTETDLNALPLLSSIPERVLPVAATQARTNGDLSWQGAPITSSLARKGEALAVTGLTEYGDEIDVVAPADILKQLFKIPYSKARVSIAVHRVGQTLVLNSG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器