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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000717

染色体: Chr01 坐标: 16060426-16065244 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000717
名称SmilChr01G000717
描述uncharacterized SmilChr01G000717
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向16060426 - 16065244 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006734
GeneID131006734
locus_tag-
NCBI NameLOC131006734
原始查询LOC131006734

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述Low temperature viability protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824161]; symbol=AT3G49990; hit=AT3G49990; species=arabidopsis; confidence=high
产物Low temperature viability protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824161]; symbol=AT3G49990; hit=AT3G49990; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G49990 (AT3G49990)
Low temperature viability protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824161]
identity=45.8; qcov=1.03; evalue=6e-119; confidence=high
RiceOs03g0372700 (OSJNBb0097F01.8)
-
identity=41.7; qcov=1.01; evalue=1.71e-95; confidence=medium
GOGO:0000056 (ribosomal small subunit export from nucleus); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0030688 (preribosome, small subunit precursor); GO:0042274 (ribosomal small subunit biogenesis)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006734

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057789849.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057789849.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789849.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789849.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789849.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:16061676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr1:16061735 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B23
Chr1:16061965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C16
Chr1:16062225 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr1:16062468 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C25
Chr1:16062864 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B6,D3
Chr1:16062866 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C25
Chr1:16062962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C16
Chr1:16063520 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B94
Chr1:16063588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933866.1
TTAAAATTAGGCGAGCTTTGGCTAAACATTAAAATGTTCCATTTAATTATTTAATTACTTTTATTTTTAATTTTTTGAATTATCTAATTTTAATAATTTAAATTAATCTAAAATTTACATAATTTTTTATTTAGGTAATTTTAATTTTATGTAATTTTAATAATTGTATTATTTAAATTAAATAAAAAATATAAAAATCAAAATTAACGAATATGAGTTAATTTGATAAATCTCCTCGATGTTATGACTCACAAGTGAAG...
XM_057933867.1
TTAAAATTAGGCGAGCTTTGGCTAAACATTAAAATGTTCCATTTAATTATTTAATTACTTTTATTTTTAATTTTTTGAATTATCTAATTTTAATAATTTAAATTAATCTAAAATTTACATAATTTTTTATTTAGGTAATTTTAATTTTATGTAATTTTAATAATTGTATTATTTAAATTAAATAAAAAATATAAAAATCAAAATTAACGAATATGAGTTAATTTGATAAATCTCCTCGATGTTATGACTCACAAGTGAAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131006734
ATGTTTGGTTTCAAGATACACAAGGATATGGGGAAGAAGAAATTCTTTGATAAAAAAAAATCGGCCACATTCCAGCTCATGGCCAGGGACACATCAGACCCGAATTACTCATCTGATCCCTCAGGTGATCGTGTTTTTGTCCGTGTAGACAACAATGAGTATATACCTACCTCAATGGAAGACGATCCTGACTCGATTTATGCTGATGCCCCTGATGATTGTGATGATGAGGATCCATATGGTGGCTTTGGAGAAGTGGT...
LOC131006734
ATGTTTGGTTTCAAGATACACAAGGATATGGGGAAGAAGAAATTCTTTGATAAAAAAAAATCGGCCACATTCCAGCTCATGGCCAGGGACACATCAGACCCGAATTACTCATCTGATCCCTCAGGTGATCGTGTTTTTGTCCGTGTAGACAACAATGAGTATATACCTACCTCAATGGAAGACGATCCTGACTCGATTTATGCTGATGCCCCTGATGATTGTGATGATGAGGATCCATATGGTGGCTTTGGAGAAGTGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057789849.1
MFGFKIHKDMGKKKFFDKKKSATFQLMARDTSDPNYSSDPSGDRVFVRVDNNEYIPTSMEDDPDSIYADAPDDCDDEDPYGGFGEVVDHKSKSTALPDHIRREILELGFPDDGYNYLTHMREIKNTGGGSTYFNNPKADVHQLPQDVKAYDASRVEVSSMNDAVEKSIYSVASKTVDVRLHKVLDPEIAALLDDRNSSTFGSDVEDLEEDFVVKANIFEGSVDQEVDQEFFGEELNEKLSFAAGSRIDHLGGQGPTVTGS...
XP_057789850.1
MFGFKIHKDMGKKKFFDKKKSATFQLMARDTSDPNYSSDPSGDRVFVRVDNNEYIPTSMEDDPDSIYADAPDDCDDEDPYGGFGEVVDHKSKSTALPDHIRREILELGFPDDGYNYLTHMREIKNTGGGSTYFNNPKADVHQLPQDVKAYDASRVEVSSMNDAVEKSIYSVASKTVDVRLHKVLDPEIAALLDDRNSSTFGSDVEDLEEDFVVKANIFEGSVDQEVDQEFFGEELNEKLSFAAGSRIDHLGGQGPTVTGS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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