Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000743`

染色体: Chr01 坐标: 16435028-16436925 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000743`
名称	SmilChr01G000743
描述	uncharacterized SmilChr01G000743
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	16435028 - 16436925 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006755`
GeneID	`131006755`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006755`
原始查询	`LOC131006755`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	28S ribosomal S34 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835313]; symbol=AT5G52370; hit=AT5G52370; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	28S ribosomal S34 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835313]; symbol=AT5G52370; hit=AT5G52370; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G52370` (AT5G52370) 28S ribosomal S34 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835313] identity=60.7; qcov=0.909; evalue=3.13e-48; confidence=medium
Rice	`Os02g0481000` - identity=64.4; qcov=0.584; evalue=6.5e-39; confidence=medium
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005739 (mitochondrion)
KEGG	-
Pfam	PF16053 (MRP-S34)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006755

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057789863.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789863.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789863.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789863.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057789863.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:16435262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C3,D8
`Chr1:16435281`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B114,B44,B58,C51,C74
`Chr1:16436609`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr1:16436621`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr1:16436644`	`G`	`GAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	9	A23,B87,C28,C33,C46,C52,C54,C56,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789863.1

154 aa

154

MRP-S34

PF16053 MRP-S34 56-141 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789863.1`	Pfam	`PF16053`	MRP-S34	Family	56	141	2.3e-11	44.5	Mitochondrial 28S ribosomal protein S34

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933880.1
GATTAGTGATTTACTAACTGATAGTATAAAAATTGTTAAAGAGAAGAGGAGTGATCTGCGCGAGAGAGCAAAATTGATAGGGTTAGTGAGAAAGGAGAAGCAGCAAAGCGCGAAAATGGCGACTTCTCTCATTGCTAAACGGGCCACCATTACCATAGGAAAATCTTCTGACCTCTTCAGAACATCATTCGCCTTCTTGCGCGGTCTTAGCGCCACCACCAGCTCCGCCGCGGACACGGCGGCGGGCGACGGACCCAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006755
ATGGCGACTTCTCTCATTGCTAAACGGGCCACCATTACCATAGGAAAATCTTCTGACCTCTTCAGAACATCATTCGCCTTCTTGCGCGGTCTTAGCGCCACCACCAGCTCCGCCGCGGACACGGCGGCGGGCGACGGACCCAAGAAGCCGAAGCGTAAGAAGAAGAAGAACCTATTTGAGGTGGCCCAGTTTCTGCCCAATTGGGGCATTGGCTATCACATGGCTAAAACTCACTGGGCCGAGGTCTCTTACGAGATTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789863.1
MATSLIAKRATITIGKSSDLFRTSFAFLRGLSATTSSAADTAAGDGPKKPKRKKKKNLFEVAQFLPNWGIGYHMAKTHWAEVSYEITKINLYKDGRHGKAWGIAHKNGTPAADAPKKISGVHKRCWRYIPMSKRIEESAPKQEASVPNQEMETA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器