当前解析结果
SmilChr01G000760| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000760 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000760 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G000760 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 16667246 - 16673175 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006770 |
|---|---|
| GeneID | 131006770 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006770 |
| 原始查询 | LOC131006770 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF29561 (DUF8566) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006770 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057789887.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.60000 | XP_057789887.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.40000 | XP_057789887.1 |
| 4 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057789888.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789889.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:16669121 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A16,B29,C16 |
Chr1:16669128 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B126,B33 |
Chr1:16669130 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
Chr1:16669131 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B65,D6 |
Chr1:16669187 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | A21,C19 |
Chr1:16669187 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | A21,C19 |
Chr1:16669199 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B14,C16 |
Chr1:16669212 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B121,C35,C4 |
Chr1:16669338 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B44 |
Chr1:16669338 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr1:16669360 |
C |
CTA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 87 | A16,A19,A20,A23,A24,A3,A4,A8,B1,B10,B102,B107,B111,B113,B114,B117,B12,B122,B126,B128,B129,B134,B135,B137,B18,B20,B22,B24,B36,B39,B42,B45,B46,B48,B54,B59,B60,B61,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B75,B76,B77,B78,B8,B81,B88,B89,B98,B99,C11,C12,C16,C23,C24,C27,C28,C3,C31,C33,C34,C39,C40,C43,C44,C46,C47,C5,C51,C55,C60,C61,C71,C76,C79,C8,C80,C82,C87,D1,D11,D2,D4 |
Chr1:16669371 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789887.1PF29561
DUF8566 12-178 aa
XP_057789888.1PF29561
DUF8566 12-178 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789887.1 |
Pfam | PF29561 |
DUF8566 | Domain | 12 | 178 | 1.3e-29 | 104.2 | Domain of unknown function (DUF8566) |
XP_057789888.1 |
Pfam | PF29561 |
DUF8566 | Domain | 12 | 178 | 6.3e-30 | 105.2 | Domain of unknown function (DUF8566) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
4 records
下载 cDNA FASTA4 records
下载 CDS FASTA4 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。