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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000793

染色体: Chr01 坐标: 17214513-17222353 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000793
名称SmilChr01G000793
描述uncharacterized SmilChr01G000793
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向17214513 - 17222353 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006792
GeneID131006792
locus_tag-
NCBI NameLOC131006792
原始查询LOC131006792

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0270200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os03g0270200; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT2G29210 (AT2G29210)
splicing factor PWI domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817470]
identity=77.4; qcov=0.177; evalue=8.23e-77; confidence=weak
RiceOs03g0270200
-
identity=74; qcov=0.219; evalue=1.16e-86; confidence=weak
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005681 (spliceosomal complex); GO:0006397 (mRNA processing); GO:0048024 (regulation of mRNA splicing, via spliceosome)
KEGGsmil03013 (Nucleocytoplasmic transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01480 (PWI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006792

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789912.1
2 Nuclear speckle 核斑点 1.00000 XP_057789912.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057789912.1
4 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057789914.1
5 Chromatin 染色质 0.20000 XP_057789912.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:17215732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B140,C23,C87,D5
Chr1:17215860 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B30,D7
Chr1:17215915 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C80
Chr1:17216001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr1:17216061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C80
Chr1:17216067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B74,C71
Chr1:17216082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr1:17216500 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:17216522 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,D6
Chr1:17216674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr1:17216757 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr1:17216813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789912.1
888 aa
N
1
444
888
PWI
C
PF01480 PWI 46-115 aa
XP_057789913.1
888 aa
N
1
444
888
PWI
C
PF01480 PWI 46-115 aa
XP_057789914.1
878 aa
N
1
439
878
PWI
C
PF01480 PWI 46-115 aa
XP_057789915.1
878 aa
N
1
439
878
PWI
C
PF01480 PWI 46-115 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789912.1 Pfam PF01480 PWI Family 46 115 4.1e-28 98.2 PWI domain
XP_057789913.1 Pfam PF01480 PWI Family 46 115 4.1e-28 98.2 PWI domain
XP_057789914.1 Pfam PF01480 PWI Family 46 115 4.1e-28 98.2 PWI domain
XP_057789915.1 Pfam PF01480 PWI Family 46 115 4.1e-28 98.2 PWI domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933932.1
GAGAGAACACAAAACAGTAAGAGGTGAAAAATTGAAGCGAGGGACTAGGTTTAATTCGTCAAAACGATGTCGTTGGCAGTATATTGGCACAAGCAAATACCAGAGCGAGGAGCATAGCATAATAGACAAAGCCTGTTTCACTTCGCTCTCCCACCCTCTATCGCTACTCACACATAGCAAACAAACCCTAGAAACCATGTCGGGCGGATTTTTCAGGGGCACCTCCGCCGATCAGGACACGCGATTCTCGAACAAGCAAG...
XM_057933931.1
GAGAGAACACAAAACAGTAAGAGGTGAAAAATTGAAGCGAGGGACTAGGTTTAATTCGTCAAAACGATGTCGTTGGCAGTATATTGGCACAAGCAAATACCAGAGCGAGGAGCATAGCATAATAGACAAAGCCTGTTTCACTTCGCTCTCCCACCCTCTATCGCTACTCACACATAGCAAACAAACCCTAGAAACCATGTCGGGCGGATTTTTCAGGGGCACCTCCGCCGATCAGGACACGCGATTCTCGAACAAGCAAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131006792
ATGTCGGGCGGATTTTTCAGGGGCACCTCCGCCGATCAGGACACGCGATTCTCGAACAAGCAAGCGAAGCTTCTTAAGTCTCAGAAATTCCCCCCTGAACTGGAAAATCTGGTGGACATGACCAAAGTGAAGATGGATGTTATGAAGCCCTGGATTGCAAAACGTGTAACTGAGCTAATTGGGTTTGAAGATGAAGTGCTCATCAATTTCATTTATGGTCTTTTGGAGGGAGAGGCAGTGAATGGGAAGCAGGTTCAGAT...
LOC131006792
ATGTCGGGCGGATTTTTCAGGGGCACCTCCGCCGATCAGGACACGCGATTCTCGAACAAGCAAGCGAAGCTTCTTAAGTCTCAGAAATTCCCCCCTGAACTGGAAAATCTGGTGGACATGACCAAAGTGAAGATGGATGTTATGAAGCCCTGGATTGCAAAACGTGTAACTGAGCTAATTGGGTTTGAAGATGAAGTGCTCATCAATTTCATTTATGGTCTTTTGGAGGGAGAGGCAGTGAATGGGAAGCAGGTTCAGAT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057789912.1
MSGGFFRGTSADQDTRFSNKQAKLLKSQKFPPELENLVDMTKVKMDVMKPWIAKRVTELIGFEDEVLINFIYGLLEGEAVNGKQVQIQLTGFMERNTGKFMKELWSLLLSAQQNVSGVPQQFLDAKEEETKKKKAETDRIATEIQRKKEKEKQEYFEEKAKMDGDGAKSRDNHSELEPNVKHDARGSTVQQANDKERHNRNGRRRSNRGSRSPDSPNHSLSSSSWELIYSGCSERRRRSRSVSAAPPSRSRSISSERRAR...
XP_057789913.1
MSGGFFRGTSADQDTRFSNKQAKLLKSQKFPPELENLVDMTKVKMDVMKPWIAKRVTELIGFEDEVLINFIYGLLEGEAVNGKQVQIQLTGFMERNTGKFMKELWSLLLSAQQNVSGVPQQFLDAKEEETKKKKAETDRIATEIQRKKEKEKQEYFEEKAKMDGDGAKSRDNHSELEPNVKHDARGSTVQQANDKERHNRNGRRRSNRGSRSPDSPNHSLSSSSWELIYSGCSERRRRSRSVSAAPPSRSRSISSERRAR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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