当前解析结果
SmilChr01G001899| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001899 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001899 |
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 34094374 - 34094841 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006800 |
|---|---|
| GeneID | 131006800 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006800 |
| 原始查询 | LOC131006800 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 产物 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| Arabidopsis | AT4G23160 (CRK8)cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415] identity=37.8; qcov=0.923; evalue=3.29e-26; confidence=medium |
| Rice | Os11g0656500- identity=48.3; qcov=0.961; evalue=1.64e-40; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006800 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057789927.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789927.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789927.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789927.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057789927.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:34094438 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B47,B99,C5 |
Chr1:34094488 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B1 |
Chr1:34094488 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr1:34094501 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B47,B99,C5 |
Chr1:34094508 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B14,C50,C64,C66,C70 |
Chr1:34094651 |
A |
AT |
1bp_insertion | stop_gained,frameshift_variant | 23 | A19,A5,B108,B111,B132,B135,B136,B37,B42,B43,B54,B60,B91,B98,C27,C4,C40,C55,C65,C79,C80,C84,D6 |
Chr1:34094756 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B138,B93,C58,C8,C80,D7 |
Chr1:34094791 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B127,B139,C37 |
Chr1:34094797 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B60,B71,C54 |
Chr1:34094837 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B20,C14 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。