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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000820

染色体: Chr01 坐标: 17721000-17723631 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000820
名称SmilChr01G000820
描述uncharacterized SmilChr01G000820
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向17721000 - 17723631 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006815
GeneID131006815
locus_tag-
NCBI NameLOC131006815
原始查询LOC131006815

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述non-intrinsic ABC protein 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818275]; symbol=NAP12; hit=AT2G37010; species=arabidopsis; confidence=low
产物non-intrinsic ABC protein 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818275]; symbol=NAP12; hit=AT2G37010; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G37010 (NAP12)
non-intrinsic ABC protein 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818275]
identity=53.1; qcov=0.362; evalue=1.77e-14; confidence=low
RiceOs11g0416900 (OsABCG28)
-
identity=57.7; qcov=0.294; evalue=6.89e-13; confidence=weak
GOGO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG-
PfamPF19055 (ABC2_membrane_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006815

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057789951.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057789949.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789948.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789948.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789948.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:17721488 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 5 A5,B70,C25,C48,C5
Chr1:17721488 G GGT 2bp_insertion CDS_variant 5 A5,B70,C25,C48,C5
Chr1:17721492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B43,B70,C24
Chr1:17721494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr1:17721501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B70,C25,C48,C5
Chr1:17721508 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B30,B77,C12
Chr1:17721515 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,A7,B48,C58
Chr1:17721516 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,A20,B51
Chr1:17721517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B45,C25,C67
Chr1:17721532 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C67
Chr1:17721534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C67
Chr1:17721537 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789948.1
187 aa
N
1
94
187
ABC2_membrane_7
C
PF19055 ABC2_membrane_7 125-180 aa
XP_057789949.1
183 aa
N
1
92
183
ABC2_membrane_7
C
PF19055 ABC2_membrane_7 128-176 aa
XP_057789951.1
177 aa
N
1
88
177
ABC2_membrane_7
C
PF19055 ABC2_membrane_7 123-177 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789948.1 Pfam PF19055 ABC2_membrane_7 Family 125 180 1.8e-18 67.3 ABC-2 type transporter
XP_057789949.1 Pfam PF19055 ABC2_membrane_7 Family 128 176 2e-16 60.6 ABC-2 type transporter
XP_057789951.1 Pfam PF19055 ABC2_membrane_7 Family 123 177 6.8e-18 65.5 ABC-2 type transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933965.1
AAAATGACCACTCATTTCTCTCTTTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTTCACATTCAGGTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCCTTCTCGTCCTCGCCGCCGCTCCACAGTTGCCGCCCACCACCACCGCTACACTGCTGTTCTGAGACGGAGGGAGCTACGCACGCGGCAGCGTTGCTACGCCACTGCTGACTCGCCGGGGAAGAAGACGCTCTTCTGGCTCGGCACATTTGACTCCGCCGCACCGCCTCCACCAGTCCGACG...
XM_057933966.1
GACCACTCATTTCTCTCTTTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTTCACATTCAGGTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCCTTCTCGTCCTCGCCGCCGCTCCACAGTTGCCGCCCACCACCACCGCTACACTGCTGTTCTGAGACGGAGGGAGCTACGCACGCGGCAGCGTTGCTACGCCACTGCTGACTCGCCGGGGAAGAAGACGCTCTTCTGGCTCGGCACATTTGACTCCGCCGCACCGCCTCCACCAGTCCGACGCTCCG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131006815
ATGGGGTCGGACGGCGGTGGGTGGCGTGGGGTCGGACGGCGGTGGGTGGCTGCAGCAGCTGGGCAGATCCAGTGTAGATCCGGCTGGGCAGTCCGGTCAAAGCAGATCCGGTCGAATTCTATATCAATCTCTGTCTCTCTCTCTCTTCCCCGGTCAAAGCAGATACGGGCAGACCACTTTTCTTTCTTTCTCAAATTGAGGAGTAATTGGATGTTTTATATCCAATTCCATCGGATTTTAATACCTCAGATACATTGCGG...
LOC131006815
ATGGGGTCGGACGGCGGTGGGTGGCGTGGGGTCGGACGGCGGTGGGTGGCTGCAGCAGCTGGGCAGATCCAGTGTAGATCCGGCTGGGCAGTCCGGTCAAAGCAGATCCGGTCGAATTCTATATCAATCTCTGTCTCTCTCTCTCTTCCCCGGTCAAAGCAGATACGGGCAGACCACTTTTCTTTCTTTCTCAAATTGAGGAGTAATTGGATGTTTTATATCCAATTCCATCGGATTTTAATACCTCAGATACATTGCGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057789948.1
MGSDGGGWRGVGRRWVAAAAGQIQCRSGWAVRSKQIRSNSISISVSLSLPRSKQIRADHFSFFLKLRSNWMFYIQFHRILIPQIHCGGASQYGGLSKAGEEGFTSADAAIEETIKPTSKHTIEVPIAKVGMQRLREVKTQAVDYLILLIVGASLGSLIKANDETFGFSAYTYTIIAVFQLLMYQERD
XP_057789949.1
MGSDGGGWRGVGRRWVAAAAGQIQCRSGWAVRSKQIRSNSISISVSLSLPRSKQIRADHFSFFLKLRSNWMFYIQFHRILIPQIHCGGASQYGGLSKAGEEGFTSADAAIEETIKPTSKHTIEVPIAKRLREVKTQAVDYLILLIVGASLGSLIKANDETFGFSAYTYTIIAVFQLLMYQERD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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