当前解析结果
SmilChr01G000845| 统一新 Gene ID | SmilChr01G000845 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G000845 |
| 描述 | uncharacterized protein At5g39865-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 18297302 - 18299187 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131006832 |
|---|---|
| GeneID | 131006832 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131006832 |
| 原始查询 | LOC131006832 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831226]; symbol=AT5G13810; hit=AT5G13810; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831226]; symbol=AT5G13810; hit=AT5G13810; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G13810 (AT5G13810)Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831226] identity=48; qcov=0.944; evalue=3.22e-79; confidence=high |
| Rice | Os07g0659900 (OsGRL16)- identity=52; qcov=0.516; evalue=1.56e-46; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00462 (Glutaredoxin); PF23733 (GRXCR1-2_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131006832 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057789977.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057789977.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057789977.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789977.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789977.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:18297665 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C62 |
Chr1:18297842 |
C |
CGT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 15 | A19,A24,A8,B138,B25,B29,B36,B37,B61,B90,B92,C42,C47,C62,C65 |
Chr1:18297960 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A10,B50 |
Chr1:18297961 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B92 |
Chr1:18298185 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B49 |
Chr1:18298376 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789977.1PF00462
Glutaredoxin 143-210 aa
PF23733
GRXCR1-2_C 240-286 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789977.1 |
Pfam | PF00462 |
Glutaredoxin | Domain | 143 | 210 | 7.5e-12 | 46.0 | Glutaredoxin |
XP_057789977.1 |
Pfam | PF23733 |
GRXCR1-2_C | Domain | 240 | 286 | 3.1e-18 | 66.1 | GRXCR1/2, C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。