Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000889

染色体: Chr01 坐标: 18935863-18945613 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000889
名称SmilChr01G000889
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20740-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向18935863 - 18945613 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006867
GeneID131006867
locus_tag-
NCBI NameLOC131006867
原始查询LOC131006867

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20740-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20740-like
ArabidopsisAT4G20740 (EMB3131)
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827823]
identity=58.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0179000 (OJ1361_E02.121)
-
identity=42.1; qcov=0.982; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006867

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057790000.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057790000.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790000.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790000.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790000.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:18943275 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 D5
Chr1:18943275 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 D5
Chr1:18943450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B90
Chr1:18943578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr1:18943579 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B126,B33,C12,C83
Chr1:18943618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,B41
Chr1:18943817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:18943821 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B68,C85
Chr1:18943875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:18945084 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790000.1
721 aa
N
1
360
721
PPR_long
PPR_3
PPR_2
PPR
TPR_24
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
TPR_24
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
C
PF17177 PPR_long 165-290 aa PF13812 PPR_3 190-234 aa PF13041 PPR_2 220-269 aa PF01535 PPR 224-253 aa PF23276 TPR_24 234-352 aa PF12854 PPR_1 258-284 aa PF13041 PPR_2 258-302 aa PF01535 PPR 259-286 aa PF13812 PPR_3 289-335 aa PF13041 PPR_2 290-338 aa PF01535 PPR 294-322 aa PF12854 PPR_1 323-354 aa PF13041 PPR_2 325-372 aa PF01535 PPR 329-357 aa PF12854 PPR_1 392-421 aa PF01535 PPR 399-421 aa PF23276 TPR_24 436-526 aa PF13041 PPR_2 501-542 aa PF01535 PPR 503-529 aa PF01535 PPR 573-595 aa PF13041 PPR_2 610-654 aa PF12854 PPR_1 637-669 aa PF01535 PPR 643-672 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790000.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 165 290 8.1e-31 107.8 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057790000.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 190 234 6.3e-26 91.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057790000.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 220 269 1.2e-64 214.9 PPR repeat family
XP_057790000.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 224 253 5.7e-51 168.0 PPR repeat
XP_057790000.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 234 352 1.3e-24 87.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057790000.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 258 284 2e-46 156.1 PPR repeat
XP_057790000.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 258 302 1.2e-64 214.9 PPR repeat family
XP_057790000.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 259 286 5.7e-51 168.0 PPR repeat
XP_057790000.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 289 335 6.3e-26 91.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057790000.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 290 338 1.2e-64 214.9 PPR repeat family
XP_057790000.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 294 322 5.7e-51 168.0 PPR repeat
XP_057790000.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 323 354 2e-46 156.1 PPR repeat
XP_057790000.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 325 372 1.2e-64 214.9 PPR repeat family
XP_057790000.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 329 357 5.7e-51 168.0 PPR repeat
XP_057790000.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 392 421 2e-46 156.1 PPR repeat
XP_057790000.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 399 421 5.7e-51 168.0 PPR repeat
XP_057790000.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 436 526 1.3e-24 87.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057790000.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 501 542 1.2e-64 214.9 PPR repeat family
XP_057790000.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 503 529 5.7e-51 168.0 PPR repeat
XP_057790000.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 573 595 5.7e-51 168.0 PPR repeat
XP_057790000.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 610 654 1.2e-64 214.9 PPR repeat family
XP_057790000.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 637 669 2e-46 156.1 PPR repeat
XP_057790000.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 643 672 5.7e-51 168.0 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009095799.1
TCTGTAAACCCAACTCTCCCTCACCTGCTGCAACACAACCATCTTTGCCGATTTGCAGCGCCGTCTGTTGGAAGTGGGGAAGATGAGAGTATTCAGGCCATGATGGTTAGAATTTGTATATTTTAAAAATAATTTTGCATCATGACCTGAATCCACCGTAGTAGATTCAGGGACTTTAGCTTTGGATGAAGCCACCAGTTCCGCCAGCGCCGCTGAGCAAACCTTACTTCTTCTACGGCCACCGCAAGCCCTCCCAGAAC...
XM_057934017.1
TCTGTAAACCCAACTCTCCCTCACCTGCTGCAACACAACCATCTTTGCCGATTTGCAGCGCCGTCTGTTGGAAGTGGGGAAGATGAGAGTATTCAGGCCATGATGGTTAGAATTTGTATATTTTAAAAATAATTTTGCATCATGACCTGAATCCACCGTAGTAGATTCAGGGACTTTAGCTTTGGATGAAGCCACCAGTTCCGCCAGCGCCGCTGAGCAAACCTTACTTCTTCTACGGCCACCGCAAGCCCTCCCAGAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006867
ATGAAGCCACCAGTTCCGCCAGCGCCGCTGAGCAAACCTTACTTCTTCTACGGCCACCGCAAGCCCTCCCAGAACCGCCCCACCGTCCGCGGCGGTTTATTCTCCAACCGCCAAACTCTGAACCCGAAGAGGTTCAGCCGCCCCTCCGAAGAGCCGTTCGACCTCCAGAAATGGGACCCAGAGGATAAAGCAAACCAAAGACCTCCCTATGTGAAAGACCCATCTGAAAGATTCTTCATTTTGGCGAAGAACTTGTCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790000.1
MKPPVPPAPLSKPYFFYGHRKPSQNRPTVRGGLFSNRQTLNPKRFSRPSEEPFDLQKWDPEDKANQRPPYVKDPSERFFILAKNLSPIARYIVDAFRKHKQWSPELVAELNRLRRVTPKLVTEVLKFPNVDPRLSSKFFNWAGKQKGYRHDFACYNAFAYFLNRANHFRAADQVPELMHMQGKPPTEKQFEILIRMHADAKRGLRVHYVYEKMKKFGVKPRVFLYNRIMDALVKTGHLDLAMSVYNDFKDDGLVEENMTY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器