Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000900`

染色体: Chr01 坐标: 19063007-19063716 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000900`
名称	SmilChr01G000900
描述	uncharacterized SmilChr01G000900
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	19063007 - 19063716 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006878`
GeneID	`131006878`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006878`
原始查询	`LOC131006878`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006878

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057790010.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057790010.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057790010.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057790010.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057790010.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:19063097`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:19063098`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	18	A2,A8,B130,B135,B137,B139,B140,B39,B45,B61,B66,B73,C11,C32,C51,C54,D4,D9
`Chr1:19063102`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	25	A18,A2,A25,A8,B108,B111,B130,B135,B137,B139,B140,B39,B45,B61,B66,B70,B73,C11,C32,C51,C54,C79,C87,D4,D9
`Chr1:19063160`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,B64,B8,C36
`Chr1:19063185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:19063186`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:19063193`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr1:19063245`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	14	B108,B111,B126,B18,B44,B64,B73,B95,C49,C51,C60,C62,C70,C79
`Chr1:19063248`	`AAC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	14	B108,B111,B126,B18,B44,B64,B73,B95,C49,C51,C60,C62,C70,C79
`Chr1:19063285`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	B108,B119,B126,B18,B73,B95,C49,C70,C79
`Chr1:19063291`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	10	B108,B119,B126,B18,B73,B95,C49,C62,C70,C79
`Chr1:19063308`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	C49,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057934027.1
TTGGCATCCCATTGCTCATTCATTCACAACTTTACAATGAAACCAAAGGCCATCCCCCAAACTGATGTATTCTACAAACCGCCATGGTCGCGGCCAATTGAGCTTCTTGTCTTAGTAAAATTGGATTGTGCTCGAACAGCTGGAAAATGGGTGCCCGGAGATGATGTTGGCAATCAGGCGGTGATTGACAGTGTTTGTGATGAGTTAACAGATCACCCATTCTTGTTGCAGATTTATAAACAACAGTATCATCAAAAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006878
ATGAAACCAAAGGCCATCCCCCAAACTGATGTATTCTACAAACCGCCATGGTCGCGGCCAATTGAGCTTCTTGTCTTAGTAAAATTGGATTGTGCTCGAACAGCTGGAAAATGGGTGCCCGGAGATGATGTTGGCAATCAGGCGGTGATTGACAGTGTTTGTGATGAGTTAACAGATCACCCATTCTTGTTGCAGATTTATAAACAACAGTATCATCAAAAGGTTATGGAATGGTGGTGTAGATTTTATCGTTTCCACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057790010.1
MKPKAIPQTDVFYKPPWSRPIELLVLVKLDCARTAGKWVPGDDVGNQAVIDSVCDELTDHPFLLQIYKQQYHQKVMEWWCRFYRFHALLKDERTWFCSDTKRIFASELSWQAIAVENPKDLCYMEEGEANWDILYRLFYETLIYSDSDED

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器